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全基因多位点序列分型(wgMLST)

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全基因多位点序列分型(wgMLST)
传统的MLST分析框架通常定义七个位点(管家基因),这些基因使用Sanger技术进行测序。为每个位点的唯一序列分配了等位基因编号,并根据它们的等位基因图谱(这是七个等位基因编号的组合)确定了细菌菌株。
随着二代测序技术提供了快速、经济高效的细菌基因组测序方法,并逐渐取代了Sanger测序技术,传统的MLST可以扩展到全基因组MLST(wgMLST)。wgMLST包含更多的基因位点(1500-18000个位点),因此相较于传统的基于7个基因位点的MLST分型手段有着更高的精度及分辨率,但是也需要更大的数据分析运算量。
http://39.107.235.93:8080/#/datacenter/index/type5?type=5

微生物数据分析平台通过全新设计开发的可以自动分配等位基因号、自动命名序列型等功能的智能化wgMLST分析管理流程,根据实际需求进行基于序列拼接和基于原始测序数据读长的等位基因检索,相关分析能力具有很高的运算时效性和结果准确性;我们同时在此基础上设计提供自定义二级分析框架(如eMLST, rMLST, cMLST等)的能力,也支持在wgMLST分析中获取基于7个管家基因的传统的MLST分析结果的能力。
同时可以通过表型分析功能,获取分离菌的血清型、病毒性和耐药性等数据,分析结果更为全面。


1楼2021-06-10 18:45回复