1261年7月因为一些农民叛乱威尼斯海军离开了君士坦丁堡,而附近一支派来侦查的拜占庭军队发现了这一机遇,将领亚历克斯不愿意放弃这个千载难逢的机遇。
亚历克斯带领军队找到了一处城堡缺口(因为拉丁帝国长期缺乏资金,君士坦丁堡并没有得到修缮)他们翻上城墙,杀死守军,后打开城门,又潜入港口在威尼斯社区放火,而希腊人发现事情后发动了起义,返回的威尼斯舰队只能看到无尽的火海,拉丁人四处逃窜,而皇帝鲍德温自知大势已去,逃到一艘威尼斯船离开了这里。米海尔八世在欢呼雀跃中进入了君士坦丁堡,他已经积累了足够的威望,随后囚禁了小皇帝约翰四世。正式称帝建立巴列奥略王朝。
君士坦丁堡在1204的大屠杀中破坏严重丧失了本来的光芒,而在之后热那亚人取代了威尼斯开始建立殖民地,但是咄咄逼人的热那亚人很快与拜占庭闹翻,而米海尔之后撤销了热那亚人的特权,又迎来了威尼斯人。但是巧妙地给予相同的特权并指导他们竞争为帝国谋利,米海尔的条约对拜占庭帝国影响深远,拜占庭帝国之后全面的加入了两大共和国的仇杀,米海尔的子孙们一个比一个平庸无能,安德洛尼卡皇帝为了节省开支,解散了海军,让拜占庭丧失了制海权变成意大利人的棋子。而之后爆发了共和国在拜占庭的代理人战争,热那亚人更是与奥斯曼帝国结盟,这个新兴的部落的来领将填补东方自1204后的权力真空,奥斯曼帝国将彻底摧毁意大利人的地中海霸权,带来无数祸患。
而陆地上的战争的同时,海洋上全面战争依旧,拜占庭将舰队投入了热那亚一方,而罗姆苏丹国崩溃后爱琴海出现了新势力突厥海盗,这些势力也将参见到之后的战争中,在1263年的赛特波奇海战将是共和国之间的第一次海洋正面会战,之后战火将烧遍地中海,仇恨与荣誉也将让两个共和国拖入持久战的泥潭。