大陆目前可以买到的台湾的时报版（22卷）、东贩版（30加1卷），香港的文化传信版（22卷），正文社版（17卷），以及大陆花山文艺出版社河北少年儿童出版社（30卷），五种有版权的黑杰克。
这5种分别从两家出版社的翻译而来。时报版与大陆版以及文传版均来自讲谈社全集22卷，缺了23篇。 东贩版文库30卷来自秋田文库1-16集，含有最多时报版未收录故事的第17集，被东贩出成了《怪医黑杰克特别篇》。香港正文社的17卷版是最标准的秋田文库版。两个版本的中文标题名称都是"怪医黑杰克"，时报版是这部作品首次的中文授权版，也是首次将之前各家盗版所用的"怪医秦博士"正名为与日文标题相符的"怪医黑杰克"。
这几家的收录顺序会给人"时报版排得比较乱"的印象，是因为当讲谈社大全集开始逐级出版的时候，怪医黑杰克在杂志上的连载还未结束，配合连载发行的单行版，已经出了一些，我想是为了避免有太多重覆内容，所以感觉起来这套全集的收录顺序比较混杂。
（编者按：是手冢治虫自己的问题,他从来不认为连载顺序等于单行本顺序，全集里三眼，阿童木，黑杰克几篇都是如此，另外手冢全集最初300卷预定黑杰克只有18卷，18卷最后也有完结的后记，19卷第一话其实才是黑杰克连载期间的第一话，日后做手冢治虫文库全集的时候会详细说明）