关于"始源":
始源是一二代主角团利用"核心水晶"制造的类似超级计算机的装置 (游戏中始源最底层有核心水晶组成的矩阵)。其中核心水晶除了提供运算能力外还负责记录一二代世界所有生物信息(相当于内存+cpu)。
制造"始源"的目的是将其作为备份来应对世界相撞后可能发生的"湮灭"。

关于三代世界"艾欧妮翁":
"艾欧妮翁"是"始源"通过计算模拟出的碰撞结果，其中可见的大量一二代场景即是"始源"中记载的一二代地形信息。
"艾欧妮翁"中的"人"均是Z利用始源中记载的生物信息制造出的复制品，本体都在现实世界中处于"时停"状态(开头cg)。因为"人"是虚拟的所以死后才会化作粒子。

关于"时间停止":
注意三代世界中的时停是"相对时停"，即艾欧妮翁相对于现实世界停止，但艾欧妮翁作为一个虚拟世界，时间在在"始源"中流动了上千年。(不妨把其中的"人类"类比成在超级计算机中下了几百年围棋的阿尔法狗)
但是这个"时间停止"不是永恒的，游戏中提到的"黑雾"现象正是代表着这个世界已经开始发生崩溃。

关于结尾彩蛋：
最后Z被打败，时间重新流动，根据上文推断三代世界可能会消失，也可能会继续作为主世界的备份而保留。彩蛋中出现的是现实世界恢复时间流动后的男主，推测其可能保留了一部分艾欧妮翁的记忆(能认出那段笛声的旋律)

以上分析是我根据某位大佬的观点总结出来的（我认为异度神剑系列一直都是科幻）
欢迎讨论

补一张图，“始源”最底层由核心水晶组成的矩阵，大家有没有产生既视感

很多人觉得剧情有漏洞，有些事情没解释清楚，其实你能想到这个世界是虚拟的就能理解了。
Z就相当于这个世界的管理员，主角团最后能破局，靠的还是知道始源真相的女王。