预告片中，第一声灰原的声线是新一的声音，最后一声才是柯南。这次M26，柯哀应该会双方变回本体作战。从最近周边谷子大量的志保谷推测，官方可能想开辟一个光明正大卖新志CP谷的路子，剧场版随之进行推广，符合目前商业化主旋律。
随着朗姆的现身，应该可以发觉出警方背后有一个神秘人物在策划，让组织近日损失惨重。通过对日本警视厅的渗透，了解到在日本各地依然活跃的工藤新一协助警方破案的事实。朗姆会怀疑这个最近一直与组织作对的警方幕后军师是工藤新一，从而进行调查，最终确定是柯南。
由于柯南外表是小学生，不符合高中生新一的形象，又有将信将疑的地方。觉得柯南只是作为新一哥哥的亲戚，有新一哥哥的联系方式，受到新一哥哥的影响爱推理相当聪明罢了。为了排错，决定绑架柯南，看看新一哥哥会不会出现。
如果出现了，那么就消灭柯南；如果没有出现，那么柯南就是APTX4869的试验存活品。被叛逆雪莉的长生不老药导致变小却存活的人物，带回组织去肯定会让BOSS高兴。
朗姆安排了琴酒去做这个计划，却被安室透发现，并且转告了柯南。于是为了保护柯南的这个身份，灰原哀给了柯南临时解药，变回新一。自己则在有希子的帮助下再次伪装成柯南打掩护，化解组织的威胁，保护柯南这个身份。
随后在剧情发展中，我哀伪装的柯南为了逃跑被迫嗑下临时解药，展现了一手宫野家族代代相传的绝美华丽飙车技巧，在安室透有意放水以及表哥赤井秀一的接应下顺利逃脱。
另一条线则是新一通过被绑架的灰原哀传回来的情报，抽丝剥茧，再次揪出了警视厅的内鬼，完成任务后去接应灰原哀。
这时，高潮部分来了。琴酒看见心爱的雪莉，心爱的宫野志保还活着，瞬间痴迷了、狂喜了、发电了，追鲨而至。志保迫不得已坠入大海，此时解药失效，我哀发出请求，帮帮我。
新一及时赶到击退琴酒，跳入海中拯救我哀，这时过程中药效也失效了，变回柯南，导致最后是穿着大人衣服的柯南公主抱灰原哀离开水里，不断摇晃呐喊，毛利兰的眼前又一次附带了背后灵特效。柯南与新一双声道立体环绕极致享受（至于会不会加人工呼吸，看制作组的诚意了）。