命运之矢
1999年，一颗巨大的流星划破了南太平洋的夜空，坠落在一个小岛上。当人们赶到现场的时候，一个震惊世界的事情展现在世人面前，这是一个长度达到1200米的巨大战舰！这艘战舰宣告了一个无情的现实，在地球之外存在着外星人，并且他们进行着宇宙战争。在这样巨大的威胁面前，地球的主要国家联合起来成立了地球统合政府，同时修复与逆向复制这艘战舰。然而，团结一致往往都很难，不同意联合的少部分国家成立了另一个组织——南十字军。就这样，战争毫不意外地降临了。在经历了漫长而残酷的战争之后，地球重新迎来了和平。
尽管进行着惨烈的战争，人类依旧在不断地修复着那艘外星战舰。终于，战争以统合军的全面胜利而告终，这艘外星战舰也被修复完成，而这一天已经距离这艘战舰坠落地球过去了十年了……
时间一晃到了2009年，人类修复完成的外星战舰被命名为Macross号，而这一天正是Macross号首飞的日子。一大早，Macross的舰长古罗巴陪同着一位大人物乘车赶赴战舰主持战舰的首航仪式。面对着这艘巨大战舰的首航，古罗巴不知如何心中充满了不安。而与古罗巴不安的情况不同，Macross舰桥内部却又是一番景象。作为Macross的空中管制中心管理员的早濑未沙正在与武器管理中心的格罗迪亚正开着玩笑，突然雷达显示一架不明来历的飞机进入了管制空域，询问后得知此人名叫一条辉，是福卡上校邀请过来参加航空活动的。在获得了飞行许可之后，一条辉也不客气劲直飞入了表演机队中。
正在进行讲解的福卡上校大吃一惊，但是辉精湛的飞行技能还是博得了大家的热烈掌声。就在福卡上校正在劈头盖脸数落辉的时候从月球背面传送来了一波外星战舰，这些战舰正是为了追踪十年前坠落的那艘战舰而来。很快，月球基地就发现了异常，古罗巴舰长急忙中断了首航的致辞赶赴舰桥，然而一切都陷入了不可逆转的深渊，战舰的外星防卫系统突然启动，巨大的主炮自动启动，一炮就击毁了在月球轨道上进行侦查的两艘外星战舰。当主炮击毁两艘外星战舰的消息传来时古罗巴舰长深感人类被外星人愚弄了，然而现在摆在他的面前的是一个讽刺的情况，他们之前在军事会议上做出了不主动与外星战舰交火的决定，现在却主动开火击沉了外星战舰，事到如今只能硬着头皮上了。于是，人类与天顶星人的战争就这样稀里糊涂地爆发了。在机场的福卡上校正给辉讲解新型战机，并让他坐进教练型VF战机里体验一下，然而主炮巨大的轰鸣让福卡上校感受到了危机，立刻赶去战备区，坐上战机杀赴战场。
在地球上发生激战的同时，宇宙中同样也在进行着激烈地战争，面对优势兵力的天顶星战舰，地球军使用了他们的杀手锏——反应弹，瞬间击毁了天顶星人的前锋部队。而这也激怒了天顶星舰队的司令布利泰，他无法相信这个落后的种族居然掌握了这种失传的武器并拥有他们都不具备的修复能力，能够修复损毁的战舰，愤怒地他下令全面打击，一下就重创了地球军的舰队。在宇宙战取得优势之后布利泰下令对Macross周边进行炮击，但是避开了Macross本体，一方面是一种警告，另一方面也是给登陆部队提供掩护。而Macross舰桥内，因战力紧张的早濑未沙将原本在教练机里茫然不知所措的一条辉发配上了天。虽然他想解释但是在早濑未沙的强烈动员之下稀里糊涂地飞上了战场，然后，虽然得到了福卡上校的掩护他还是毫无悬念地被击落了，幸好得到早濑未沙的指点将飞机变形成B形态才躲过了一劫，没有好战舰相撞，然而失控的战机还是坠落在了居民区，造成了不少的破坏。坠落的战机吸引了不少人的围观，其中就有一位叫林明美的少女。
这里做一个简单的介绍，辉所驾驶的战机叫做VF1女武神战机也有叫瓦尔基里的，它的特点是可以三段变形，就饿可以变成机器人形态和飞机形态，还有一种是半飞机半机器人的形态。
变形成机器人形态的战机让少女十分好奇，然而辉由于不会操纵变形后的战机，反复操作反而更是加剧了破坏。正在辉一筹莫展的时候，天顶星人的登陆部队已经到达了地球，虽然未沙预料到了这种情况预先派出了侦查部队，然而面对天顶星人的优势火力毫无办法，只能让一部分的航空队转为地面作战。此时担心辉安全的福卡赶到辉旁边帮他修好了战机，然后为了方便他操纵飞机教他把飞机变成G形态，一种半机器人半飞机的形态。而少女也跟他们道别赶赴防空洞避难。走到半路，明美突然想起自己演唱比赛的通知书忘拿了，她不顾亲人的劝阻赶回了小镇上，却不幸遇到了外星人的袭击，千钧一发之际辉赶来救了她。原来辉和福卡离开之后担心镇上居民的安全（主要是担心美女的安全）又赶了回来，正好救下了明美。二人救下明美后决定由福卡上校掩护辉带着明美逃走，就这样辉带着明美逃离了战场。然而敌人紧追不舍，握着明美的机械臂被打断，而辉凭借着一通眼花缭乱的操作将明美又拉回了战机内。正当二人在庆幸逃过一劫的时候却迎头撞上了一架敌军的战斗囊，明美也被撞晕过去。出于对敌人的愤怒与恐惧，辉死死地按住了射击键，直到火神炮的弹药全部打光，敌人已经倒下，而他还是死死地按着发射按钮。然而，更加恐怖的事情还在后面，从被摧毁的战斗囊里钻出一个巨人，摇晃着走到了辉的战机面前，把没有弹药的辉吓得直哆嗦。幸好福卡上校赶来救场，然而福卡却并没有表现出太多的惊讶，原来他们早就从坠落战舰中得出了巨大外星人的存在的信息，VF1战机之所以设计成三段变形的样子就是为了与巨大外星人作战。虽然福卡呼叫着辉，让他赶回战舰，然而辉受到刺激之后的辉陷入了自闭状态中。他拒绝了福卡的呼唤，一个人躲在机舱内瑟瑟发抖……
在辉被这突如其来的变故搞得茫然不知所措时明美醒来了，这时辉才想起要逃出去。然而，在他发动战机的时候却发现死去的外星巨人的手还抓着他的飞机，辉被这景象再次吓傻，一边制止明美的东张西望一边不住地发抖，直到福卡发现了不对，赶回来将机舱单独卸下来带回了macross号。
在天顶星的战舰内部，布利泰司令和埃西铎参谋在分析了地面部队发回的图像之后发现这是一颗被他们称作压缩人的星球，这让他们想起了天顶星的古训——不要进攻压缩人居住的星球。因此布利泰调整了舰队的作战目标，以俘获macross号为他们的作战目标。
此时的macross号已经升空，正在前往宇宙。原来遭到攻击后的古罗巴舰长下令macross号升空迎敌，与太空中的两艘战舰进行对接，然而战舰上的反重力引擎却因为舰体受损而脱落，自顾自地飞上了天！不得已舰长只得下令用火箭推力，总算是将这艘巨大的战舰飞上了天空。福卡等人正是要返回这艘前往太空中的战舰，在返航途中，辉的平民身份被揭晓，而辉惊慌失措的行为也遭到了早赖未沙的嘲笑。不甘示弱的辉直接回嘴对方是个啰嗦的老太婆，搞得未沙十分狼狈，舰桥里一时间充满了欢笑声。
就这样三人回到舰上，贴心的福卡还把辉的表演机也带到了舰上，这让辉十分感动。然而生命不止作死不止的辉却产生了架机飞回岛上的想法。不幸的是macross在太空遭到了重大打击，太空对接被迫终止，为了躲避敌人的进攻古罗巴舰长下令降落至地球表面然后突然突然进行跃迁，一举转移至月球背后从而打对手一个措手不及。结果，不出意外地出了意外，飞船的跃迁系统出现故障，连同地面的岛屿和辉的小飞机已经一票地面作战单位全部都被跃迁岛一个陌生的宇宙空间里。舰长得到报告，飞船并未入计划般转移到月球背面，而是转移到了冥王星轨道，正当古罗巴舰长努力安慰大家之时，引擎室传来了更糟糕的消息——超时空跃迁装置消失了，这意味着他们只能慢慢地飞回地球。
在强烈的光芒之后，辉惊讶地发现自己的飞机身处于一片黑漆漆的宇宙之中，在真空中飞机只能凭借方向控制喷口艰难地飞行，即使如此辉的战机也被周围的异物撞开了一个小口子，机舱里面开始漏气，千钧一发之时辉抓住敌军在macross上打开的一个缺口返回到了舰上，但是飞机也受到了不小的损伤，两人被困在了一个密闭的区域里。这片区域不大，辉满怀信心地认为福卡上校一定会找到他们，二人分享着仅有的一点食物，很自然地互相聊起了人生。辉的母亲早逝，他的父亲和福卡是战友，后来父亲退役做飞行表演，在一次事故中不幸遇难，而辉则坚持了父亲的理想从事飞行表演，通过获得的奖金养活了自己。明美梦想着做一名歌手，这次她终于获得了参加歌手比赛的的资格，然而最后却被困在这里。双方就这样聊着，关系也越来越近。突然窗外飘过一条大鱼，看样子是被卷到太空中的。辉在对自己的飞行服进行了简单的改造之后冒险进入太空把这条鱼拖进了飞船，然而在关气阀的时候只保留了鱼头。随着食物的不断减少，两人的情绪愈发低落，绝望之下明美向辉提出了结婚的请求，哪怕是假的她也希望做一个新娘再死去，两人四目相望，正当要更进一步的时候一枚哑弹击穿了密闭的舱盖，两人获救了！获救之后的明美兴奋异常，一转之前的沮丧，辉一时间不知所措，就这样，明美走出了那个密闭的空间，而辉的心却迷失在那里……
获救之后，辉和明美就住在了明美的叔叔家，得知之前的空间跃迁将飞船转移到了冥王星空域，甚至连带着作为基地的小岛也被一同带到了那里。就在两人被困在舰内的时候，古罗巴舰长让大家把岛上的物资转移的舰内，同时在地下避难所的平民也得以获救转移到舰内生活。两艘超级战舰则被用来替代原先准备与macross对接的宇宙战舰同macross号对接在一起。一天，舰内的工程师向古罗巴舰长汇报在之前的超时空跃迁引擎的位置出现了一团能量场，由于跃迁引擎的消失，原先的能量链接线路被切断，macross想要发射主炮只能通过变形改变自身结构来重新连接主炮，但是这样会极大破坏内部已经安顿好的居民区的布局。当然，工作人员也指出这点能量场可以用来做能量护盾保护飞船的重要部位，于是古罗巴下令尽快安装。
辉虽然和明美同处屋檐之下，但是辉对明美越来越琢磨不透了，明美忙着和叔叔婶婶重新张罗起面馆。一天辉在下楼的时候听到大家和明美聊起自己，大家问明美与辉什么关系，让辉感到失望的是明美说两人只是普通朋友关系，这让辉的心情十分低落,就在这时，福卡上校带辉来到普罗米修斯号上观看舰载机的起飞，福卡再次鼓动辉参军，而辉却在纠结明美的态度，福卡告诉辉是明美找到他希望他舒缓辉的心情，这让辉更是迷茫，福卡语重心长地跟辉说，这样的女孩子很善变的，你要抓好。一脸茫然的辉回到了住所，明美让他陪自己转转，被一句普通朋友伤到了的辉心情不是很好，有点自暴自弃。正在此时，敌机袭来，由于敌人数量众多，macross受损严重，舰载机部队也陷入苦战，古罗巴舰长迫不得已只得下令全舰变形，发射主炮，虽然主炮的巨大威力打退了敌人的进攻，但是舰内居民设施受到了极大的破坏。明美也在震动中差点摔下去，幸亏辉奋不顾身地拉住了明美。在一切归于平静之后，辉意识到了自己的自私，为了保护明美保护舰内的人他决定参军，走上了一条他从未想过的道路。
加入军营的辉每天都在进行的严格的训练，不出意外的，作为一个获得过多次飞行表演冠军的辉训练成绩十分优秀。这天辉正好休息日，他陪着明美逛街，两人在内衣店里遇到了早赖未沙一行人，这让辉感到十分尴尬。回到军营的辉在和福卡聊天时又正好遇到未沙和舰桥三人一起，未沙猛地想起辉就是之前说她是老太婆搞得自己十分难堪的人，这下又好好嘲讽了一下辉，辉羞得满脸通红。
就这样，时间过了几个月，飞船在一路坎坷中飞到了木星附件。古罗巴舰长等人商量了一个作战计划，就是战舰在经过木星的时候利用木星的轨道环将自身隐藏其中，打开电子干扰，利用地形优势偷袭敌军舰队，从而拜托敌人的追击。另一方面，在天顶星舰队内，布利泰司令和他的参谋埃西铎仔细地分析着macross号的变形，感到十分不解。同时他们也发现了木星的光环，猜到了对方可能会利用这一地形进行偷袭，针对性地做了防卫。于是，一场大战一触即发。
这天，辉被告知了要进行正式作战，这让他心情复杂，他找到明美告诉了明美他要上战场的消息，然而明美却天真地认为辉的技术一定没有问题，丝毫没有对辉表现出担心。看着无忧无虑的明美辉百感交集，两人拍了一张合影后就各种分别了。望着离去明美，辉喃喃地说道‘明天，或许我就回不来了’……

第二天，紧张得一夜没有好好入睡的辉怀着复杂的心情正式踏上了战场。由于需要隐蔽行军战机被规定只能在环带内飞行，这让辉感到十分不解，他擅自主张在环带上方飞行，这让他挨了未沙一顿训，当他飞到环带里时，复杂的地形让他不得不减低速度，这又引来未沙的一顿嘲笑，双方再次斗嘴。就在此时，战舰接近到敌人舰队附近——攻击开始。战机从环带之中杀出，对敌人的舰队发动了猛烈的攻击，然而对方早有防备，战机部队陷入苦战，辉作战十分英勇，击落了多架敌机，然而却不幸被爆炸的冲击波卷到了敌人的战舰里面，正在辉准备逃出去的时候碰到了一个敌人的士兵，一时间双方都不知所措。而在macross那边，虽然展开了能量防护点阵，但是由于点阵防御是要人为操作效果十分有限战舰也受到了严重的损伤。情急之下，早赖未沙想到了一个作战方法，她将点阵防御系统集中在代达罗斯号登陆舰的舰首，利用战舰直冲对面主力舰一个直击用代达罗斯号直插对方的舰首，最后用舰内的机甲部队从内部击毁了敌方战舰。辉虽然在千钧一发之际逃出了敌方战舰，但是他也深深地明白了他要做出改变了。
经过了之前的大战，天顶星人的舰队受到了不小的损伤而不得不请求了支援，在这段时间内macross号突破了小行星带来到了火星附近。由于舰内的补给日益短缺古罗巴舰长下令前往火星基地补给。那里现在已经因为统合战争中反叛军的袭击而废弃，这一举动勾起了未沙一段痛苦的回忆……
在早赖未沙小的时候，她喜欢上了一个叫莱巴的人，虽然莱巴只是把她当妹妹看待，但是未沙对莱巴的爱却十分深刻。后来，莱巴被派到火星执行任务，而未沙为了追随莱巴也选择了从军，然而就在未沙快要以优异的成绩从军校毕业的时候噩耗传来——莱巴在火星战死。多年以来，莱巴的死一直是让未沙无比心痛，现在来到火星自然睹物思人。就在未沙在回忆过往事情的时候，在废弃的火星基地里出现了求救信号，这一信号再次触动了未沙内心最脆弱的部分——莱巴会不会还活着。正是因为这样，未沙主动请缨去调查基地内的情况，由于未沙的坚持古罗巴舰长也没有什么办法只能派她去基地调查。就这样macross号降落至火星基地附近，在没有发现异常之后古罗巴舰长派出了运输部队进行补给运输。在此期间辉所在的骷髅中队被派到现场进行地面警戒，辉在执勤空隙向福卡队长请假周六去参加明美的生日晚会结果却得知全对都收到了明美的生日会的邀请，这让辉十分郁闷。就在大家紧张的进行补给作业的时候在远离基地的峡谷地带发生了爆炸，古罗巴舰长发觉不妙派出了侦查机进行侦查，结果侦查机发现在峡谷里面有大量的外星人的战斗囊。原来天顶星人也发现了火星上的废旧基地，布利泰等人立刻想出了一个陷阱计划在基地地下埋设磁性地雷，等macross进入磁场控制范围后让macross无法升空从而俘获战舰。为此他们伪造了求救信号并从天顶星本部调来了一向以作战疯狂为特色的金正，据说此人在天顶星内部有个称号就是连自己都杀的金正，这样的角色到来之后macross面临的困难可想而知。
此时的古罗巴舰长已经意识到了要被敌人伏击了，因此他下令让战舰靠近基地缩短补给时间同时防御部队进行防御争取早点补给完成逃离伏击圈，然而此举正中敌人下怀，战舰完全进入了磁力地雷的作用范围，虽然补给完成但是战舰却无法升空，磁力装置将战舰牢牢定在火星地表。此时的战舰进退不得，唯一的方法就是引爆基地的地下核反应堆炸掉磁性装置。古罗巴舰长将这一任务交给了在基地内调查的未沙，基地中的未沙在收到命令后虽然犹豫了一下但还是表示会完成任务。其实通过调查她已经意识到了莱巴不可能存活，为了完成任务她必须要炸掉基地，炸掉心爱之人最后生活的地方。就在未沙将基地核反应堆过载准备撤离基地的时候她突然被困在基地内，非常巧合的是她正好被困在莱巴的房间旁边，进入房间恋人之前生活的地方让未沙百感交集，这一刻她决定永远地留下来陪在莱巴身边。
舰桥内部，黑人妹子呼唤未沙却无法得到回答，古罗巴舰长下令福卡上校派人去把未沙救出来，而这个任务自然地就落到了辉的手上，虽然有一千个不情愿，但是辉还是去基地救未沙。当辉杀出重围到达未沙的房间外面的时候未沙却要他不要救她，强硬的辉不顾未沙的拒绝强行打碎了墙壁将未沙从基地救了出来。而基地地下的反应堆也发生了巨大的爆炸，强大的能量摧毁了地下的磁力装置，战舰利用这一机会成功升空，而敌人的伏击部队也在爆炸的冲击波中遭到了极大的损伤无法阻止战舰的升空逃离。就这样macross再次逃出险境，在macross的甲板之上辉坐在座舱里无法理解地看着未沙，他不明白未沙为什么要拒绝救援，而未沙只是站在甲板上呆呆地看着火星渐渐远去。
初次接触
由于上次的英勇作战辉被晋升为少尉，同时还被授予了一枚勋章，这让辉十分开心。同时他还被福卡上校告知他已经被提升为小队长了，福卡还给他介绍了两名部下，一个叫做麦克斯一个叫柿崎，柿崎十分得自信而麦克斯则表现得十分的谦虚。升任小队长的辉十分开心，他第一时间就想到带两人去见明美，好好炫耀一下自己的成就，然而明美却对辉没有给她带礼物而非常生气，对辉摆起了脸色。就在辉十分尴尬的时候放空警报响起，辉等人被叫去执行拦截任务，这让辉暂时可以摆脱现在尴尬的境地。
在执行拦截任务的时候，辉为了照顾冒进的柿崎搞得束手束脚，而麦克斯却表现出了极高的天赋大杀特杀，让本就对辉升任小队长持保留意见的未沙则又是对辉一通嘲讽，这让辉十分难堪，辉也认识到了自己的责任所在。经过一番激烈的战斗，辉和前来挑衅的金正打了个平手，此时的布利泰司令得知了金正的擅自出击，由于天顶星人的作战目的是夺取macross号，为了不破坏macross号布利泰强令金正撤退，僵局这才打破。回到舰内的时候已经很晚了，辉急忙赶到明美家的面馆，大家都已经休息，店门也关闭了，辉向明美表达了歉意，由于实在太晚了买不到礼物辉将自己的勋章送给了明美，虽然代表着军人荣誉的勋章十分珍贵但是对辉来说他更在意的是明美的笑容，看到明美的笑容辉开心地跑回了军营，就这样漫长的一天结束了。
飞离火星之后，macross离地球越来越近了，古罗巴舰长为了鼓舞舰内的士气筹备举办了一场选美比赛。这天辉和明美正在一个餐厅约会，明美告诉了辉参加选美的事情，辉鼓励明美并表示到时候一定会到现场给明美加油打气。可是辉的内心却有一种莫名的感觉，无从说起。
可到了比赛当天，辉却被留在部队里值班，但是对于心上人的承诺远比值班重要，于是辉擅自离开了军营跑到了会场。就在快要到明美出场的时候会场的广播却开始找辉了，原来就在此时天顶星人派出了侦查飞船对macross内的电磁信号进行侦查，发现辉不在岗的未沙猜到了他估计去看选美比赛了就通过广播找人。在找到辉之后未沙对辉进行了简单批评后让他赶紧出发迎敌。辉就这样不情不愿地立刻了会场，此时的辉有擅自主张在没有无人机配合的情况下驾驶了重装甲形态的VF1战机以机器人形态投入作战。甚至在作战时辉还想着明美选美的时期，居然在战斗时期看着电视直播，差点击毁人亡。而天顶星人的侦查飞船内部，萝莉控三人组也对接收到的选美信号莫名奇妙，并且产生了奇怪的反应。就这样在双方都忙于观看选美的情况下，辉还是重创了侦查飞船，在辉闯进飞船内部后却发现飞船内正在播放着选美的画面，辉一个分神飞船已经发生了爆炸，辉被震晕了过去。而在舰内，选美比赛产生了结果，明美意外地高票当选了选美冠军，成为了macross小姐。昏迷中的辉被未沙叫醒，舰桥内部还在吐槽辉这样的任务都被击落，估计是偷偷在看选美吧。醒来的辉打开了电视信号，发现了明美当选了选美冠军，此时的他心情十分复杂，他想到了之前和明美约会时明美看着窗外全息投影的景色的情形，明美向往的是另外一个世界，一个辉进不去的世界……
由于当选了macross小姐，明美的日程日益繁忙，她经常需要进行训练，舞蹈训练歌唱训练等等，辉和明美两人接触的时间越来越少。这天两人相约在公园约会，辉早早就赶到了地点，在等待的时候还遇到了舰桥三人娘，三人围着辉七嘴八舌地问他和谁约会，当辉感觉不好意思的时候明明打来电话，因为要安排唱歌练习不能赶来了。辉十分失落，三人娘也很体贴地离开，免得辉尴尬，留下辉一人在风中凌乱。
就在此时，天顶星人对macross发动开战以来最大的一轮炮击，布利泰的本意是对macross进行威慑，确保包围圈不让macross接近地球。而负责这次行动的金正却擅自主张将对macross的桅杆直接炮击，当布利泰发现情况不对的时候一切已经晚了。虽然macross使用了点防御系统但是强大的炮击能量依然击穿了战舰的舰桥上部，雷达舱遭到毁灭性打击，炮击之后宇宙中的小行星碎片再次将战舰砸得七荤八素，舰体外侧受到极大的破坏，巨大的震动将舰内的设施都震的东倒西歪。战舰的电台还受到了天顶星人的劝降信息，敌人的强大让舰桥内弥漫着一股低落的情绪。
此时的战舰面对了极其不利的局面，雷达被摧毁，要恢复雷达功能需要四个小时，未沙主动请缨乘坐猫眼预警机进行侦查，为战舰规划航路。未沙之所以这么做是因为之前的一次战斗中未沙不近人情的指挥遭到了辉的反驳，辉指责她没有对生命脆弱的清醒认识，未沙在之后又看到了漂浮在太空中的飞行员的遗体，这让未沙感到很内疚，遂做出了承担侦查任务的决定。巧合的是辉的小队被派负责对侦查机进行护航。然而此举正中了布利泰的下怀，在得知金正擅自主张炮击macross舰桥之后他立刻意识到了macross会派出侦查机进行侦查，这真好给了他们一个俘获压缩人活体的机会。于是他们在侦查的航路上设下了埋伏，同时派出了战斗囊骚扰侦查机编队。辉等人被引诱离开编队后，战斗囊突然杀出，猫眼的驾驶员躲闪不急撞到了小行星上，驾驶员当场阵亡，飞机也被天顶星人俘获。发现不妙的辉等人立刻追了上去想要救回未沙，虽然未沙察觉到危险后命令三人撤退但是辉不顾未沙阻拦执意要救出未沙，就这样三人也杀进了天顶星人的战舰内部。
杀入舰内的三人迅速救出了未沙，但是四人却被困在了战舰内部。得知消息的布利泰司令立刻冲到事发地点，双方展开了激烈的战斗，面对着被打入太空还能生存的布利泰三人最终还是败下阵来，辉和未沙柿崎三人被俘，麦克斯则被卷到舰外。
辉和未沙二人先在天顶星战舰里醒来，辉和未沙又因为两人的观点不和吵了起来，这让监视中的布利泰和埃西铎两人想起了天顶星的古训——当男人和女人在一起的时候一定会发生灾难。未沙和辉吵了一顿后两人都冷静了下来，辉想到自己之前还答应了明美去参加她的首次演唱会，现在却陷入了这样的境地，而未沙则取出了微型摄像机开始搜集情报。就在此时战舰出现了异动，未沙敏锐地发现战舰在进行超时空跃迁，辉更加绝望，他彻底地无法参加明美的演唱会了。
而在macross内明美从福卡上校处得知了辉作战失踪的消息，这让她十分伤心。虽然如此，明美还是不得不举行了自己的第一场演唱会，献出了自己的第一首成名去《我的男友是飞行员》，虽然会场气氛十分热烈，但是明美最希望出现的人却没能到场。经过了一段时间的超时空跃迁之后，布利泰的旗舰到达了天顶星人基干舰队的总部。三人通过舰船的舷窗看到外面太空中无数的巨大战舰不禁倒吸一口凉气。三人被押送到了天顶星人总部，由总司令进行审问。

失乐园
在舰桥里的对自己的错误行为陷入了深深的自责，格罗迪亚安慰了未沙并且鼓励未沙亲自去看望一下辉并对辉道歉。当然格罗迪亚好像对未沙和辉的关系有所误解。
辉从医院里醒来，回想着那个奇怪的梦，心中五味杂陈。就在此时未沙来到了病房，未沙向未沙表示了道歉，未沙温柔的语气和态度让辉一下感觉到不知所措。其实辉倒并不怎么生未沙的气，这段时间困扰辉的更多是明美和介生的关系。两人寒暄了几句，临走的时候未沙明显感觉心情好多了，还调皮的回了辉一句然后才走。在未沙走后不久福卡和麦克斯柿崎三人也过来探视辉，但是不会说话的麦克斯和柿崎哪壶不开提哪壶，两人又提到了明美和介生，让辉的情绪十分低落。福卡明白了辉的心思，在离开之后就去找到了明美，让她去探视一下辉，此时的明美已经和介生在拍人生第一部电影，但她还是决定抽出空去探视辉，这让福卡松了一口气。
就这样，明美在辉失落的时候及时出现，让辉的心情立马好转。虽然来探望的明美完全没有太在意辉的伤情，她更多地是在自言自语地向辉诉说着这段时间的自己的辛劳，最后居然趴在辉的床边睡着了，但是对辉来说这样就够了，辉看着明美，他们已经好久没有这样的二人独处了。就在此时防空警报响起……
原来在露柏媚的旗舰内，金正被露柏媚手下的王牌飞行员米莉亚一顿挖苦，不堪挖苦的金正反讽米莉亚说她对敌人的实力根本不了解，macross内也有一个很强的王牌飞行员。这激起了米莉亚的胜负欲，她主动提出了率领一只小队去试探macross的实力,作为老上司露柏媚知道自己部下的性格,批准了这项行动。就这样米莉亚不出意外地遇到了福卡的飞行队，在交火中福卡明显有点力不从心，幸好此时麦克斯前来救场。麦克斯高超的飞行技术让米莉亚一下就将目标锁定在了麦克斯身上，古罗巴舰长发现了其中的异样立刻下令让麦克斯紧急撤离。福卡在掩护麦克斯的时候不幸中弹，而麦克斯果断回头与米莉亚缠斗起来，双方从舰外打到舰内，这让在病房内的辉心急如焚，他急切地想早点回到部队给福卡分忧。所幸在麦克斯的高超技术之下，米莉亚终于被击败，这让米莉亚十分地震惊，她不敢相信她居然败在了一个压缩人手上，感觉无比屈辱的她决定潜入macross内部亲自会会这位打败她的对手。
另一方面，驾驶这受损的战机艰难返回舰内的福卡上校拖着受伤的身体来到了格罗迪亚的住处，当格罗迪亚在厨房忙碌着做菜的时候，客厅的福卡再也坚持不住了，他瘫倒在地上，永远地闭上了眼睛。未沙悲伤地向辉通告了这一噩耗，这一天，辉的好大哥福卡上校永远地离开了他。
几经周折之后辉终于康复出院了，福卡牺牲后他被提拔为中队长继续指挥骷髅中队作战。这天为了向统合政府施压，古罗巴舰长让macross低空飞行通过一座座大城市上空，想通过这样的行动迫使他们同意舰内平民的安置。未沙和辉在休息的时候看着窗外的场景对于未来一片迷茫。也不知道从什么时候开始未沙和辉经常偶遇聊天起来，长时间的工作内外的往来在潜移默化中加深两人的关系。
就在大家对于平民的安置以及macross的未来忧心忡忡的时候加拿大安大略省发来了通信，对方表示愿意接受舰内的平民，这让大家长舒一口气，这算是这段时间难得的好消息了。而这样的消息也给了古罗巴舰长不小的压力，他无论如何也要保证这些平民安全地抵达目的地。
然而天顶星人并不会随着你的意志而转移，金正再次发动了对战舰的攻击。米莉亚乘机让自己的队友将已经压缩化的自己偷偷送入战舰内部。为了保护舰内平民的安全，古罗巴舰长下令启动了球形防护罩，将整个舰体都包裹起来，敌人的进攻被完全遮蔽了。然而好景不长，金正持续猛烈的攻击让macross的防御罩不堪重负，未沙下令让VF1战机不断进攻敌舰，希望打断敌人的进攻。辉驾驶着福卡上校之前的座机率领着大家奋勇杀敌，虽然给敌人造成了一些破坏但是macross的防御罩还是不堪重负而过载，巨大的冲击波向四方扩散开来，未沙急忙让大家逃离，然而柿崎还是因为跑得慢了一点而被卷入了冲击波中尸骨无存，地面被炸出了一个直径超过几十公里的大坑，范围之内的建筑都被夷为平地。理所当然的，安大略省也拒绝了平民的安置计划。看着战友在眼前死去心情低落到极点的辉回到了舰上，就在此时明美打来电话，电话中的明美依旧向辉诉苦，她因为拍戏劳内而住院休息了，因为介生不在身边，她想让辉来看她。明美还是那样，什么事时候优先想到的是自己，她没有问辉的状况如何，在电话中自顾自地说着自己的生活。电话这头的辉一声不吭地听着，然后默默地挂上了电话。他真的不知道该怎么和明美说，这一刻辉真的发觉他和明美之间的距离在日渐遥远。Macross孤独在悬浮在战场之上，就如同这艘战舰里面的人们一样，孤独无助。
在营房内，辉正在给柿崎的亲属写阵亡通知书，然而当他写的时候想到了柿崎惨死的情形，心情十分低落。辉由此离开营房去甲板上透透气，在那里他和麦克斯看着统合军的补给不断到来，这些补给的背后也意味着macross的起航也越来越近了。
在太空中的天顶星人舰队也发生了变动，之前macross的防御罩爆炸产生巨大冲击波的画面传到了天顶星总部。这个画面让天顶星总司令越来越害怕地球文明，他迫不得已重新启动了布利泰，并同意了布利泰调用一支由一千多艘战舰组成的舰队的请求，而布利泰显然另有所图。就这样布利泰率领着一千多艘战舰重新返回到地球附近，重新作为司令官组织对macross的作战。
而在macross的一处角落里萝莉控三人组的任务也已经完成了，他们也到了返航的时候了。这段时间的生活他们已经真正融入macross的生活中了，甚至三人对舰桥三人娘也产生了一些感情。但是作为天顶星人的军人他们还是选择了完成任务返航，最终他们回到了天顶星的战舰内。回到天顶星舰内的三人向布利泰等汇报了他们在macross的见闻，并将他们在舰内搜集的地球的生活物件一一向布利泰进行了展示，这些稀奇古怪的东西让布利泰感到十分好奇。在汇报完成后三人回到营房，将自己私藏的一些小物件给舰内的士兵进行了展示，地球文明的小物件尤其是明美的娃娃唱片等受到了士兵们的极大的欢迎，整个舰队的基层官兵内部不断传播着地球文明内容。
最终，macross还是接到了起航的命令，与其说是起航的命令不如说是被地球驱逐出去了。这艘战舰被地球抛弃了。未沙和明美等人专门举行了一个起航仪式，虽然未沙努力向大家解释了起航的原因，但是感觉被抛弃的大家依然十分不满，这时候明美通过她优美的歌声慢慢抚平了大家的情绪。在明美优美而又带着淡淡的忧伤的歌声之中macross号缓缓地驶向了太空……
爱在流动
在macross回到太空不久后明美的第一部电影终于拍摄完成了，她特地给辉安排了一个前排的贵宾位，想让辉参加自己的电影首映，然而辉却因为接到明美的信息而兴高采烈完美地错过了明美给他准备的电影票。就这样辉在没有去明美专门给自己安排的贵宾位，而是直接买票进场观看了。会场上人山人海，连米莉亚也赶到现场，不过她不是来看电影的，她是来找那个打败她的王牌的。在天顶星人的战舰内，电影的画面也被他们接收到了，所不同的是基层官兵们因为有萝莉控三人组讲解明白了这是一种名为电影的文化，而布利泰和埃西铎等人则把它当做了地球人的战斗画面。
在大家以不同角度来欣赏这部电影的时候电影中介生和明美的接吻的镜头刺伤了辉，受到打击的辉离开了电影院，结果好巧不巧努力从拥挤的人群中离开的辉无意中摸到了未沙的屁股。两人发生了争执，眼看这围观的人越来越多未沙只得拉着辉逃离了影院。远离人群后的未沙和辉又碰到了天顶星人的日常骚扰作战，战舰紧急变形，结果因为辉带错了路两人被困在一个狭小区域内。另一边，明美也在避难的时候差点掉下去，所幸介生及时拉住了明美，在危险的时候明美想起了之间救自己的场景，这对于她来说意味着什么呢，此时的明美并没有察觉。
被困在一起的辉和未沙二人再次因为被困的事情斗起嘴来，有点大小姐脾气的未沙面对调皮的辉毫无办法。此时的辉突然智商上线猜到了未沙去看电影是因为她喜欢介生，调皮的辉抓住这点捉弄着未沙，问她喜欢介生哪一点，而未沙害羞之后无心的一句你可以去问明美呀深深地刺痛了辉。是啊，明美，辉感觉他和明美已经像是几年没见了。这段时间明美和介生越走越近，他和明美却连说上一句话都很困难。看到失落的辉，未沙想到了自己，她告诉了辉她是因为介生长得很像她以前喜欢的人，然而莱巴已经牺牲了，长得和莱巴一模一样的介生却十分讨厌军队。两个天涯沦落人在这一刻深深地体会到了对方的痛楚，在这个狭小的空间里二人越坐越近，他们的心也越来越近。就在此时警报解除，两人脱困了。脱困的二人正准备离开却偶然发现明美和介生相拥而行，不觉得更加神伤。当辉想要告别未沙回军营的时候未沙却拉住了辉，他想辉再陪她坐一会儿，就这样在经历了战火的街道上两人慢慢地走着……
在这段时间的作战信息传到了天顶星人的总部，这里面甚至还包含了一些电影的场景，但是最让天顶星总司令震惊的还是防御罩爆炸后的场景，那有如地狱般恐怖的爆炸让他不得不让我地球文明就是他们传说中的原始文化，而与原始文化接触的军队都回慢慢丧失战斗力直至消亡，这成了他心中挥之不去的梦魇。为此他下令布利泰俘获macross，接到命令的布利泰决定利用macross的代达罗斯攻击时的漏洞入侵macross一举俘获它。而得知自己的部队要进行侵入作战的部分天顶星人部队却产生了另一种想法，原来他们在萝莉控三人组的不断宣传之下对地球文化越来越向往，最终决定趁这个机会逃到macross舰内，布利泰怎么也没想到这次行动居然产生了这样的效果。
在macross这边，辉经历越来越多的生离死别，明美和介生的关系也越来越亲密，这让他越来越迷茫，自己到底是为何而参军，参战的理由又是什么？这些问题不断地困扰这他，最后他得出了一个他觉得是的一个理由，他是为了保护明美而战，在这份理由之下辉再次振作起自己的精神。就在此时，天顶星人的作战开始了。
在这次进攻时布利泰率领着他的旗舰顶着炮火直冲过来，面对这种场景未沙发动了代达罗斯进攻，然而此举正中对方下怀，代达罗斯内的进攻部队被早已埋伏好的敌军一下全部摧毁，天顶星的战斗囊顺势侵入了战舰内部，这下整个战舰内一片火海，居民区受到严重破坏。得知敌人入侵舰内的辉赶忙返回舰内驱逐入侵敌军，更让辉着急的是明美当时正在举办演唱会，演唱会场也受到了袭击。这让辉和未沙都十分紧张，一个担心明美一个担心介生，辉不顾敌人的沿途阻截一路杀奔演唱会场，现在的他只有一个目标，救出明美！
正当辉在赶往演唱会场的时候，麦克斯也在大杀特杀，他精湛的驾驶技术让潜伏在附近的米莉亚缺人了他就是自己索要找的地球人王牌。而天顶星人内部之前准备好要叛逃的萝莉控三人组这些人也乘机叛逃，这让金正大为恼火，金正愤怒地对他们展开了追杀，这让场面显得十分混乱。在这片混乱中辉终于赶到演唱会场，然而眼前的一幕再次击碎了辉内心那残存的一丝幻想。介生为了保护明美而受伤，但是他看到照顾自己的明美那十分可爱的样子时忍不住吻了明美，虽然明美刚开始有点拒绝但是却没有推开介生。这一幕真真切切地发生在了辉的面前！如果是之前的电影中的吻是一场戏那眼前这一切就是真实的现实了，辉无法再用电影拍戏这样的话来欺骗自己了，这一刻他心如死灰，对于未沙的询问只是淡淡地回了一句派人来演唱会场救援就关掉了通信，他只能将所有的悲伤和愤怒都发泄到了天顶星的入侵部队上。
而在布利泰这边舰队内部的叛逃事情动摇大家的士气，这也让本来就不怎么打算与macross为敌的布利泰顺势做出了撤军的命令，金正虽然不满撤退的命令但是也不得不悻悻而退。就这样危机总算告一段落。
忙完了一切的辉还没来得及休息一下就被叫去开会，这让本来心情就不好的辉更加不满。当辉不耐烦地赶到会场的时候却发现气氛十分凝重，除了古罗巴舰长等高官之外还有未沙和麦克斯等人。原来萝莉控三人带领着一队天顶星人向macross投降，舰长向问问直接接触过天顶星人的辉等人的意见。辉刚开始还有点抵触，但是在未沙的说服之下同意了接受这些人。而进一步的检验结果更是揭示了一个让人震惊的事情，天顶星人的DNA和人类一模一样，最终古罗巴舰长下令接受这些人的投降请求。这让未沙从中看到了地球和天顶星人之间和平的可能。

在处理完这些事情之后辉和未沙漫步在满目疮痍的街道上，不知道从什么时候开始两人相处的时间变得多了起来，二人走到娘娘面馆，辉和未沙主动留下来帮忙打扫屋子好让明美的婶婶伯伯去医院探视介生。辉还询问了未沙为什么不去医院探视，此时的未沙觉得她已经走出了她的心结了，毕竟介生只是和莱巴长得像而已，终究还是不同的两个人。而此时的辉真的已经被明美伤透了心，虽然未沙还在鼓励他但是他的内心已经越来越绝望了，毕竟很多事情已经摆在了面前，想无视已经不可能了。
平静的时光总是短暂，敌人的骚扰部队再次来袭辉和未沙不得赶赴各自的岗位。在作战中未沙叮嘱辉小心点，而辉则一反常态地非常坦白地接受了提醒。不知不觉间两人的关系更近了一步。在击退敌人之后未沙也下定了决心，她向古罗巴舰长提出来带着相关的资料去一趟地球总部，说服地球方面与天顶星人进行和平谈判。最终古罗巴舰长同意了她的请求，动画片造这里贡献了一个神镜头——准备返回地球的未沙和执勤回来辉在电梯擦肩而过……
在得到古罗巴舰长的批准之后未沙立刻准备好了资料返回地球，为了不打扰到辉她没有跟辉辉道别，之跟格罗迪亚进行了短暂的道别之后就踏上了返航的航天飞机，然而在飞机上的未沙还是没有忍住拨通了辉的电话，电话中未沙嘱咐辉一定要照顾好那些投降过来的天顶星人，不要让和平的曙光消失。而辉只有一个急切的问题，未沙在哪里，最终未沙强忍着离别的忧伤和辉做了道别，辉赶到机场的时候未沙以及起航返回地球了，只有辉留在窗台默默地注视着未沙的离去。
然而回程的路注定是不平坦的。未沙的编队遭到了金正的袭击，虽然麦克斯凭借着高超的技术打掉了三十架敌机依然寡不敌众，未沙的专机被敌机击伤，在千钧一发之际辉驾驶着强化版的瓦尔基里战机赶到，一下就击落了剩余的敌机。在解除危机之后辉留下来单独为未沙护航。二人更多地回想了他们共事的日子，感谢了这些日子以来对方给自己的帮助与关心。时间总是过得很快，飞机快要返回大气层了，辉也不得不返航了，辉再次对未沙表示了感谢，最终在离别之际辉用航空灯向未沙发去了这样的信息——祝您马到成功，等着你回到macross。虽然明知未沙身为提督的父亲不会同意让未沙再回到macross内了，但是辉依旧期盼着未沙能够回到macross上，可以说现在的未沙在辉心目中已经占据了十分重要的地位，就这样在两人依依不舍的情况下，辉飘然而去返回了macross，而未沙的飞机也返回了地球……
在阿拉斯加基地的跑道上，早赖提督顶着寒风在跑道上矗立良久，他太想念自己那身在险境的女儿了。当他终于看到女儿那架遍体鳞伤的专机降落在机场的时候第一时间飞奔了过去。然而走出舱门的未沙却有一些迟疑，在一阵迟疑后她郑重地走下旋梯以一名军人的身份向早赖提督汇报了自己此次行程的目的，早赖提督看着自己的女儿只能也以军人的身份接待了未沙。自从上次拒绝平民登陆的事情之后，父女二人的关系一直都什么紧张。未沙向身为提督的父亲介绍了她所收集的关于天顶星人的情报后早赖提督同意说服统合军高层与天顶星人进行和谈，这让未沙十分开心。而身为父亲的早赖提督则关心起女儿的终身大事，当问到有没有心上人的时候未沙虽然否认了但是却又有些茫然，这份茫然意味着什么呢，或许连她自己也不知道。
另一方面在macross内，未沙的离开让辉变得茶饭不思，麦克斯为了开导他把他带到了男人最喜欢的地方——游戏厅，两人在那里玩起了模拟飞行游戏，麦克斯很快就赢得了大把的游戏币，而辉因为心事重重稍微玩了一会就不玩了。正当两人大胜而回的时候一旁传来了众人的惊呼与赞叹之声，原来是米莉亚也在玩飞行模拟游戏，她无以轮比的技术为她也赢得了大量的游戏币。麦克斯一眼就被米莉亚美丽的容貌和傲人的身材所吸引，他主动走上前去要和米莉亚切磋一下。两大高手的对决吸引整个游戏厅众人的目光，游戏厅的老板虽然感慨自己生意的难做但是也将二人的对战画面投影到大厅之上。胜负欲很强的米莉亚全神贯注地与麦克斯交战，而麦克斯却还有心情欣赏着米莉亚的身材。最终麦克斯以一通行云流水般的操作击败米莉亚，而米莉亚也从中感受到了熟悉的作战风格，没错，眼前这个人正是之前击败过自己的macross王牌，感受到无比愤怒与羞耻的米莉亚正准备愤然离去之时却被麦克斯一把拉住，麦克斯想要和米莉亚约会，感觉被羞辱的米莉亚同意了麦克斯的邀请。事实上她是准备在约会的时候杀死麦克斯报仇雪恨。
回到了营房的辉看到了精心打扮的麦克斯，更是受到了很大的暴击，然而更大的打击还在后面。当他打开电视，电视中播放着记着采访明美和介生的画面，当记者问到明美和辉的关系之时天真的明美毫不犹豫地说两人只是普通朋友关系，紧接着面对着介生的表白明美却没有拒绝！然而出乎意料的是辉在看到这些信息之后却表现得很平静，其实这些天来所发生的事情已经说明很多事情了，现在的辉也不在自欺欺人地逃避这些事情了，他对于明美的感情也有如沙漏中的沙子一样慢慢的流逝，至于这份感情流到了什么地方辉自己也不清楚。闲来无趣的辉独自坐在了大厅的长椅上，看着窗外的星空若有所思。这时格罗迪亚走来，她聊起了明美，提起了电视里的画面，辉表现得很淡然，一切对他来说已经结束了。格罗迪亚鼓励辉去寻找真正适合自己的另一半，当辉表示自己没有遇到这样的人时格罗迪亚稍微点了一下辉，其实这个人你已经找到了，只是你自己没发觉而已。格罗迪亚走后辉独自望着窗外，他想到了什么，目光聚集在那蓝色的地球之上。而在地球之上未沙同样在仰望着星空，那她的心中又在想着什么呢？
这天麦克斯兴高采烈地到了约会地点，然而让他意外的是迎接他的不是前来约会的米莉亚，而是以天顶星人王牌飞行员的身份来与他决斗的米莉亚。此时的麦克斯这才明白对方的身份，在一番激烈地打斗之后米莉亚再次落败，失败的屈辱让米莉亚心如死灰，伤心地流下了眼泪。看着楚楚动人的米莉亚，麦克斯只觉得对方有说不出的美，不禁俯首问了米莉亚。就这样，天顶星的女性王牌飞行员米莉亚居然和macross的王牌飞行员麦克斯相爱了。
要论办事的效率还得是麦克斯，他当天就决定了和米莉亚结婚。当他把这个消息告诉辉的时候辉震惊无比，他一开始选择了拒绝，但是当他见到了米莉亚的美貌后立刻改变了自己的态度，他觉得这样一场婚姻也是双方可以和平友好相处的一个证明。因此，在macross内，舰长古罗巴亲自为麦克斯和米莉亚二人举办了一场盛大的婚礼。明美也到了现场，她为这对新人献上了一首歌曲。伴随着优美的歌声，婚礼现场的画面也传遍了各处，地球上的未沙等人也看到了婚礼的画面，早赖提督对于古罗巴舰长如此大费周章地给这两个人举办婚礼表示不解，而一旁的未沙却看得很清楚，这场婚礼表明了天顶星人和地球人一样有这情感，有着爱，这也意味着两个种族之间是可以实现和平的。早赖提督听到了未沙的解释后陷入了沉思。听着明美的歌声，未沙若有所思，突然她在一闪而过的画面中看到辉的面孔，未沙的心中一震。
另一方面，天顶星人战舰内部，布利泰等人也通过无线信号收看了这场婚礼，麦克斯和米莉亚的婚礼让他认识到了爱的力量，这让身处天顶星战舰内的布利泰等人同样的看到了和平的可能性。曾几何时布利泰也是一个满脑子只有战争的天顶星军人，现在的他在不知不觉中也受到地球文化的影响，开始相信地球人和天顶星人可以和平共处了。可就在此时天顶星总部发来命令要求布利泰的舰队向macross发动进攻，无耐的布利泰只得下令向macross发动了进攻。
刺耳的警报打破了婚礼的气氛，众人只能离开婚礼奔赴各自的岗位。麦克斯和米莉亚共同奔赴战场，在战场上米莉亚不忍射杀自己的族人，她选择了击打战斗囊的连接处使其失去战斗力，辉有样学样地进行攻击。在双方激战的时候，天顶星人的舰队内部出问题了，看到了米莉亚结婚画面的天顶星战士内心受到极大的动摇，他们被地球文化所感化的他们再也不想攻击macross了，面对长官的督战他们拿起了武器进行反抗。这种情况之下再进行作战已经不可能了，布利泰干脆做个顺水人情，下令部队撤回来。终于，一场危机再次结束了。
回到营房的辉被隔壁麦克斯夫妇的吵闹声搅得没法入睡，因为米莉亚不明白厨房的器具的使用闹了不少笑话。看到隔壁的恩爱辉越发感觉到孤单。虽然已经看到了和平的曙光，然而和他抱有共同理想的未沙却不在身边，此时的辉无比思念未沙。
经历了士兵哗变的布利泰最终下定决心和macross进行和平谈判。他派出了压缩化的埃西铎参谋来到了macross舰内。初次到来的埃西铎闹了不少笑话，这让大家都比较尴尬。甚至埃西铎还在众人面前献了一下自己的歌喉，他“那优美动人”的歌声让大家尴尬无比。终于大家理解了他的意思，叫来了明美和介生二人。这才让谈判进入了正轨。通过交流大家解开了之前对于地球文化的种种误解。而埃西铎也向大家介绍了地球文化对天顶星人的影响。对于一个只知道战争，信奉着宇宙中无处不存在着战争，只要有生命的地方就有战争的理念的种族，战争就是他们的生命中的一切，然而现在的他们已经被地球文化所改变，他们认识到世界上还有着别的更加美好的东西。所以他们不想再与macross继续战斗下去了。大家决得终于看到和平的曙光的时候，布利泰那边给埃西铎打来了一个电话，电话那头的布利泰带来了一个绝望的消息，天顶星总司令在得到露柏媚关于这段时间的战况报告后确定了地球就是原始文化，为了确保天顶星不会被原始文化毁灭他决定亲率基干舰队来消灭地球文明。然而露柏媚还没有意识到作为已经和原始文化接触的他们也是消灭的目标。面对这一绝望的场景，埃西铎提出了逃亡计划，然而这一计划遭到了古罗巴舰长的拒绝。迫不得已的埃西铎参谋只能提出了一个非常冒险的作战计划，突破对方主力舰队的防御阵地直奔天顶星人的旗舰。这个计划需要突破一个由一千多艘重型战舰组成的巨大防御圈。虽然这个计划成功的希望渺茫，但是现在也只能如此了。埃西铎表示无论这个计划成功与否，布利泰的舰队都回全力协助macross去完成它，因为经过的地球文化的洗礼，他们也懂得了爱，在他们看来macross所代表的地球文化才是他们做应该拼死保护的东西。说到这里他郑重地向古罗巴舰长伸出了手，一位地球人的手和一位天顶星人的手紧紧握在了一起。
与此同时地球上的统合军总部也得知了天顶星人基干舰队即将抵达的消息，未沙在得知这一消息后立刻感到统合军总部询问早赖提督统合军的打算，在得知统合军还是打算以超级大炮作为谈判的后盾之后未沙对于未来的发展十分绝望，她向父亲提出了一个最后的请求——她想回到macross号上，她要同她的战友们一起战斗到最后。然而这个请求还是被早赖提督拒绝了，在他看来身在太空中的macross孤立无援，他绝不能让女儿去到那里送死！他不顾未沙的反对将未沙扣在基地，这让未沙伤心欲绝。
在这种绝望的情形之下辉将目光转移的明美身上，他看到明美还是那么的美丽动人，只是此时此刻陪伴在她身边的人不是自己，而是介生。想到自己将要奔赴无比险恶的战场，在道别了麦克斯夫妇后，辉大步跑到明美和介生面前，他说道：“明美，我有句话想告诉你，那就是，我爱过你，然后祝你和介生幸福！”随后辉头也不回地走了，受到极大震惊的明美好像意识到了什么，她不顾介生的阻止追着辉来到了辉的营房。此时的辉已经在做出击前的最终准备了，明美思绪很混乱，她对辉突然跟她说的话毫无心理准备，但是她还向辉表示了她终究还是喜欢介生。而辉也十分坦然，他并没有觉得明美有什么错的地方，只是感慨的表示“你是万人瞩目的大明星，我是一名飞行员，本来就不配。只是让我感慨的是，在这小小的macross内，你和我的距离居然相聚这么遥远。”这让明美一时愕然。
就在辉和明美道别之际，天顶星人的基干舰队全部跃迁到地球轨道周边，四百八十万艘战舰组成的庞大舰队将地球团团围住，舰队反射的星光甚至从地球上都能清晰地看到。Macross内战机的出击准备也在紧张的进行，所有的瓦尔基里战机全部换装强化包，舰内所有攻击武器全部换装反应弹头。地面上超级大炮也进入发射准备，未沙也在调度中心负责地球防卫部队的作战准备，一股紧张的气氛弥漫在四周。

就在此时四百八十万艘天顶星战舰的主炮一齐开火，在那一刻地球上降下了死亡之雨。无数的能量束射向地面，在地面上炸起一团团耀眼的光芒，刹那间整个地球上到处都是猛烈的爆炸产生的光芒，在太空上看过去整个地球有如一颗发光的火球一般散发着死亡的光芒。经历了四十几亿年风雨的地球遭到了毁灭性的打击，人类所建立的璀璨文明顷刻间灰飞烟灭。身处太空中的macross众人和身处与地下岩体中的阿拉斯加基地众人都被这眼前的景象惊呆了。
明美看着眼前的景象想到了地球上的亲人，不禁失声痛哭。而身为孤儿的辉此时想到只能是身处地球的未沙。伤心不已的明美哼唱起歌唱地球的歌谣，然而悲伤过度的她几度哽咽。明美的歌声反而启发了辉，他想到之前天顶星人第一次见到地球文化时候的惊讶的反应，随即他拉着明美来到古罗巴舰长面前，他提出了一个非常大胆的计划，就是让macross通过无线电波向敌人的舰队播放明美的歌声，利用天顶星人刚刚接触地球文化时的应激反应突破敌人的防御。埃西铎参谋更进一步提出让明美和介生在转播的时候接吻，这样对敌人的冲击力更加强大，这一建议也被古罗巴舰长采纳。这个作战计划也被命名为林明美作战。
正在大家紧锣密鼓地进行林明美作战的准备工作的时候，地球上突然传出巨大的能量反应，阿拉斯加的超级大炮发射了，巨大的能量束扫过了一大片宇宙空域，瞬间气化了八十多万艘敌人的战舰。趁此机会macross和布利泰的舰队发动了进攻，布利泰还利用自身的优势将明美的演唱会向天顶星的舰队全方位进行广播。明美的优美的歌声还有她和介生接吻的画面给了基干舰队的天顶星人极大的冲击，整个舰队一片混乱，对于macross这边发动的进攻毫无反应。明美先是演唱了一首《我的男友是飞行员》，在悠扬的歌曲里面，辉的战机上下翻飞，在敌军舰队内来回穿梭，击落了不少敌机。麦克斯夫妇也分别驾驶着战机大杀特杀。然而当辉顺利地突破了敌人的防线用反应弹击毁了一艘重型战列舰时一堆导弹迎面而来，辉躲闪不急被集火击中，好在危急之时辉用战机的机械臂挡了一下，在战机的机械臂和附加装甲的保护之下侥幸保住了性命，饶是如此辉还是被巨大的冲击波打晕了过去，战机也在不受 控的情况下缓缓地坠向地球。
此时的地球上，未沙依旧坚持在岗位上呼唤着地球残存的抵抗力量进行抵抗，然而通话器里除了电磁波的杂音什么都没有，突然视频通信传来，是她的父亲早赖提督，此时的提督已经身负重伤，他告诉未沙基地已经严重损坏，随时都有爆炸的危险，他让未沙趁早逃离。最后当他感叹如果早点和谈或许就可以避免这一切之后就随着一阵剧烈的爆炸牺牲了。屏幕前的未沙呼喊自己的父亲，痛不欲生。
过了一会辉从昏迷中醒来，此时他的战机已经坠落进入了地球的大气层中，返回太空已经不可能了，辉只得将战机转变为飞机形态调整好机翼角度和飞行迎角以避免被烧蚀。在降落的过程中她回想起了和明美分别时的场景，明美答应了为他举行这场演唱会，并且明美也送给他一个离别的吻。再见了明美，辉喃喃自语道，然后安静接受自己的命运。辉顺利地回到地面上空，辉调整飞机开始在空中飞行，他俯瞰着地面，看到地面上一片焦土，辉想到这样的地面环境很难再有生还者了。就在此时飞机的通话器里传来一个熟悉的声音，是她，是早濑未沙。此时的未沙依然坚持在自己的岗位上，周围已经一片狼藉，未沙焦急地向呼叫着各地的防卫力量，然而全球的基地都没有回音，未沙越来越急躁越来越绝望，就在此时应答器中传来一个声音，是一条辉。未沙和辉二人怎么也没想到在这样的情形之下彼此居然还活着，激动万分的辉当即表示要去救出未沙，未沙十分激动但是她还是命令辉不要过来，因为这个基地已经严重损坏随时都有可能爆炸，她不能让辉冒着个险。然而听到未沙的话的辉却温柔地说道“这样的命令我是从来不会遵守的”，这让未沙激动得热泪盈眶。就这样辉的战机有如一只优雅的白天鹅飞向了阿拉斯加基地。
太空中战斗依然在继续着，虽然外面进行着激烈的战斗，但是明美依旧克制住了自己内心的不安坚持歌唱，她唱起一首《爱在流动》，悠扬的歌声传遍了宇宙各处，在明美的歌声的鼓舞之下联合军方面越战越勇，甚至连之前逃离地球轨道的金正都被歌声所感动调头加入布利泰和露柏媚的联军中。
回到地球上，辉终于赶到了阿拉斯加基地，他驾驶着战机冲进了基地内部，当他打开封闭未沙的墙壁的时候二人四目相望紧紧地拥抱在一起，最终在一片火光之中辉带着未沙驾驶着战机逃出了出来。
在太空之上，伴随着明美的《爱在流动》的优美歌声，macross为首的联军终于突破了基干舰队的核心防御圈，天顶星人的旗舰就在眼前，macross开启点防御阵强行突入了敌人旗舰内部，随后在天顶星司令惊恐与愤怒之中macross打开了舰上的武器发射舱，一枚枚携带了强大的反应弹头导弹射向战舰内部，随后macross打开了防御罩，巨大爆炸宛如超新星爆炸一般四散开来，伴随着爆炸的结束，地球保卫战结束了。
在地面上的辉和未沙二人看着天空中不断闪烁的爆炸逐渐归于平静，知道战斗结束，对于他们的未来未沙感到一丝悲观，或许他们二人就是这个地球上仅存的两个人，亦或者他们是这个世界上唯二幸存的两个人了。然而辉却十分淡然，毕竟此时的他并不是一个人。就在此时战机的通信器里传来了明美的歌声，macross还在，辉和未沙紧紧地抱在一起，看着远处缓缓下落的macross号，此时升起的朝阳照耀着二人的面孔，一切终于引来了希望的曙光。迎着希望的曙光二人紧握着双手驾驶着战机返回了macross。

感情
自从上次的大战已经过去了两年了，经过这两年的恢复，地球上再坠落的天顶星战舰周围建立起一座座城市，地球的生态环境也通过生物克隆技术慢慢恢复过来。残存的天顶星人和地球人生活在一起，通过天顶星人强大的体格，地球的基础设施在不断恢复。Macross号因为上次的大战受损严重只能留在原地，大家围绕着macross建立起了城市。地球的新的中心也放在此处。
这天辉如往常一样驾驶战机在外面巡逻，这时的他看到了一片花丛不禁停下来欣赏了一下，他想到了福卡上校，他想到了自己和明美的事情，这两年辉反复地问着自己，大战已经结束自己留在军队的目标是什么呢？是为了保护自己所爱的人，就这样辉再次踏上了巡逻的路途。只是他爱的人是谁呢？
在城里的辉的家中，未沙正在帮着辉整理房间，不知道从什么时候开始未沙开始定期给辉做家务了。当未沙开开心心地为辉整理房间时一本相册引起了未沙的注意，未沙打开相册发现里满是明美的照片，这些年过去了他果然还是忘不了明美。想到这里未沙不禁醋意大发，临走之时为了表达自己的不满，未沙略带报复地将明美的海报倒着贴了。
而在明美这边，她的生活也出现了问题，明美和介生到一处小镇为大家演唱。得知消息的辉也偷偷前往那里，然而他却看到了明美和介生因为演唱会收入微薄而发生了争吵，势利的介生让明美十分反感，此时的明美越发觉得辉的好。辉在一旁听见了二人的争吵，感到十分尴尬，就在此时通讯器传来总部的呼叫，原来一部分天顶星人由于不满战后的生活发动了暴动， 前往镇压的部队陷入苦战，辉不得不赶往事发地。辉的擅离职守让未沙十分生气，加上之前看到的明美的相册，未沙狠狠地训了辉一顿。回到macross机场的辉看到未沙板着脸来迎接他，以为又要挨一顿训，然而他没想到未沙却拿出了一沓照片递给了他，都是未沙的自己的照片，哎，女人地嫉妒心啊。一脸茫然他看着未沙像个小孩子一样开心地跑开感到莫名奇妙。就这样，三人之间纠缠不清的爱情之路开始了。
先说明美这边，战后的明美在各处巡回表演，而为了赚取收入介生往往给明美安排一些给达官贵人的表演。这让的表演让明美有一种不真实的感觉，她愈发怀念过去那种在娘娘面馆的生活，怀念和辉在一起的日子。她和介生之间也经常陷入争吵之中。最终明美偷偷跑回了macross市，跑回了婶婶家。回到自己熟悉的环境明美感慨万分，她从抽屉中找出了辉送给她的勋章，回想起跟辉在一起的点点时光，明美心中五味杂陈。
第二天早上明美漫步在街道上，回想着往日的时光。突然一个熟悉的身影闪过，是辉。原来这段时间各地的治安一直都不太稳定，辉每天辉坚持跑步，在锻炼的通道顺便巡逻一下。明美本打算上前打个招呼，却发现未沙也在旁边，未沙也是因为担心现在的治安状况而在镇上巡逻。未沙和辉自然二人的走在一起，辉提起自己已经将未沙的照片放进了相册里，这让未沙十分高兴。一旁的明美看到两人亲密的样子心情十分沉重。
就在此时一阵喧闹声传来，是几个天顶星人在抢劫城镇，辉和未沙赶忙上前阻止，然而体型的巨大差距之下辉毫无办法反而被对方击飞，情郎的受伤让未沙十分心疼。幸好巡逻的机甲部队及时赶到，辉等人才脱离危险。然而当巡逻部队准备向抢劫的天顶星人开炮射击的时候辉却阻止了他们。辉的真诚让这些天顶星人有所触动，他们默默地说了一声再见后就离开了城镇，前往城郊的荒漠之中。他们其实也不想四处作恶，但是大战之后的地球满目疮痍，天顶星人的巨大体型让他们的消耗十分巨大，难以融入地球生活的他们只能通过这种方式艰 难地活下去。新的地球社会的各种问题逐渐暴露出来。事情平静之后辉撇眼看到一旁的明美，此时的明美眼看着未沙和辉的亲密情景不由得悲从心来，哭着跑开了，辉追过去时明美已经远远地走了，留下辉在原地怅然若失。
这段时间暴乱的天顶星人越来越多，古罗巴舰长不得不采纳了辉的建议将防卫部队中的天顶星人调往别的岗位，然而天顶星人内部的暴乱丝毫没有停止的景象。这些暴乱出逃的天顶星人越来越多的聚集到金正的麾下。金正这小子在大战之后没有选择和地球人一起生活，他和露柏媚组织了一个奇怪的组合，开始收容对现状不满的天顶星人，声势越来越大。金正的实力壮大给了地球方面一定的压力，然而真正让地球方面感到威胁的还是残存的基干舰队，一直以来地球都面临着这样的一个困境，虽然上次击败了基干舰队，但是残存的基干舰队的力量依然十分强大，上次的大战地球凭借着林明美进攻侥幸取得了胜利，然而谁又能保证在下次的战争中这样的战法还能起到那样的作用。为此地球必须要加强自身的军备，为此地球联合军方面做出了一个大胆的计划，夺取天顶星人太空战舰工厂，利用天顶星人强大的战争机器提升地球的军事实力。未沙和辉加上格罗迪亚还有麦克斯夫妇被安排率领一支瓦尔基里中队到布利泰的战舰，双方将共同执行此项任务。一行人就这样飞赴了太空中的布利泰的旗舰。对于地球上发生的动乱大家忧心忡忡，然而布利泰司令却十分的淡然，融入地球文化的旅途本来就不会十分的顺利，更何况整体看来动乱的天顶星人只是一小部分，大部分人还是很好与地球人生活在了一起，所以眼前的波折不会改变事情的发展方向。布利泰的话让大家宽心了不少。
在忙完了相关的交接任务之后舰队起航进入跃迁状态。未沙和辉等人回到住处，大家享受着难得的平静时光，麦克斯夫妇还将他们的孩子玛利亚也带到了舰上。可爱的玛利亚吸引了大家的目光，这让未沙羡慕不已，而一旁的麦克斯也顺势向辉送去了助攻，暗示辉应该考虑和未沙的事情了，也不知道是反应迟钝还是什么辉对麦克斯的助攻并没有上心。聚会之后格罗迪亚再次送上了助攻，找了个机会让未沙和辉独处。不得不说格罗迪亚真的是一个好姐姐，可是外表开朗的她内心比谁都痛苦，看着大家双宿双栖她只能在自己的房间对着福卡的照片安然神伤。然而就在未沙想要对辉坦露心声的时候警报却响了起来，未沙只得不情愿地赶往舰桥。
舰桥上的未沙看到太空中漂浮的巨大残骸，这是一直以来和天顶星人作战的监察军的舰船，未沙等人希望登船检查。然而谨慎的布利泰拒绝了她的请求，茫茫宇宙中一艘孤零零的船实在是诡异，贸然检查恐怕会遭遇陷阱，况且战舰的能量已经有所损失，必须确保有足够的燃料完成作战任务。最终战舰没有对那艘监察军的战舰进行检查继续踏上了征程。
经过长时间的跃迁航行，布利泰的战舰抵达了天顶星人的机器人工厂。守备的天顶星人部队见到对方只有一艘战舰完全没把布利泰放在眼里。然而布利泰拿出大杀器地球文化，通过广播向对方播放了明美的歌声，地球文化的力量让对方出现了明显的应激反应。布利泰更是加大力度，安排未沙和辉在众人面前接吻以冲击对方军心。未沙得知了这一消息后心中一阵窃喜，而辉却有所抗拒，但是在外作战的麦克斯早已看穿了一切。不等辉拒绝未沙温柔的嘴唇已经贴到他的嘴上，辉嘴上说拒绝但是身体却十分诚实。两人拥吻在一起的画面传到对方之后对面的天顶星人直接大脑宕机了，指挥官在愣了好一会之后才想起了掐断信号。就在他们陷入混乱之后麦克斯夫妇驾驶着战机闯入敌舰内部，在众人惊鄂的目光之中米莉亚向大家介绍了自己和地球人相爱的事情，他们甚至带来了小玛利亚，第一次看到婴儿的天顶星人看到了真真切切的原始文化之后四散奔逃，机器人工厂的防御顺势瓦解，地球夺得了天顶星人的战争机器机器人工厂。大战之后众人兴高采烈，未沙更是春风得意，而辉灰头土脸尴尬无比。这是他第二次被迫在众人面前和未沙接吻了。
经过一番调试准备，众人成功地将机器人工厂跃迁到地月轨道上，巨大的机器人工厂有如一颗伴星出现在太空之中，这一刻地球获得了与天顶星相当的军事生产能力。
获得了机器人工厂的地球方面加紧了对工厂的调试准备，虽然还有很多故障但是地球的军事扩张计划也已经迈出了坚实的一步了。然而此时的地球内部叛乱的天顶星人越来越多，他们最终都聚集到金正的麾下，金正的实力一下膨胀了许多。但是过多的人口也加剧了金正这边的物资紧张，而且由于之前这些天顶星人都是和人类生活在一起，他们中的很多人选择将身体压缩化，此时的他们迫切地希望恢复原来的巨人的体型。为了让手下的天顶星人都恢复巨人的体型金正决定派手下部队去抢夺杜勒多市的压缩装置。
此时明美和介生正在杜勒多市进行巡回演唱，金正的部队乘机袭击了城市夺取了压缩装置。得到消息的未沙立刻通知了正在巡逻的辉率队前往支援，面对着全副武装的辉等人金正的士兵立刻被打得落花流水，压缩装置顺利被夺回。然而成事不足败事有余的介生再次节外生枝，他煽动市民起来闹事，阻止辉等人将压缩装置转移到安全地方的建议。面对着激愤的众人辉看着和介生一起的明美，内心说不出的无奈，他多么希望明美能够站出来替他说句话啊，虽然他之前说放开了，然而他对明美的爱早已刻骨铭心，哪能说忘就忘呢？明美这边也是看着辉，她明白辉的做法是有道理的，但是她犹豫再三后还是没有勇气站出来为辉说句公道话。明美的表态让辉再次失望至极，面对着被介生煽动起来的汹汹民意辉只能妥协，没有将压缩装置转移。这也为后来的事情埋下了巨大的祸根。
辉悻悻地回到macross基地内，一个更加让众人震惊的消息展示在大家面前，原来埃西铎参谋和科研人员对于天顶星人的机器人工厂里的历史资料进行深入研究后发现了一个让众人倒吸一口凉气的真相——天顶星人是被原始文化文明以战争为目的制造起来的种族，这也解释了为什么他们拥有着高超的科学生产力却连基本的修理都无法进行。因为天顶星人本来就是战争机器，他们的本性如此，他们恶魔的玩偶。得知了真相的众人对于未来陷入了深深的担忧。辉和未沙二人看舰外的景色想起了暗淡的前景，陷入了深深的迷茫。
这边手下吃了败仗的金正十分生气，他痛斥了日渐懦弱的手下，他决定亲自出马。面对着骁勇善战的金正，杜勒多市的警察防卫部队毫无招架之力，压缩装置再次被抢走。而之前一副道貌岸然的介生在关键时候却选择了带着明美逃离，丝毫没有对自己的行为有悔过的迹象，这让明美再次对他感到反感。虽然辉等人得知了消息立刻赶来救援，然而当辉赶到现场的时候一切已经为时已晚，辉只能眼睁睁地看着明美乘着介生的车驶离城市。看着辉在后面追着自己的汽车，明美心痛地看着辉，但是她还是没有勇气下车，就这样两人的距离再次越来越远，只留下辉在原地伤心地看着明美的不断远去。

爱在流动
如愿以偿获得了压缩装置的金正壮大了自己的部队，开始了他的计划，他始终不愿意和地球人和平共处，当获得足够的实力之后他要开始搞事情了。他先是派出了一部分部队前去骚扰，声势搞的很大，未沙和辉立刻赶往现场，然而到现场的他们却发现现场人去楼空，只留下了大量的武器，正当大家在清理现场的武器的时候金正开始了他真正的计划。
成功调虎离山的金正带领着自己的手下突袭了明美的演唱会会场，生擒了明美和介生二人，随后他向古罗巴司令开出了他的价码——给他一艘战舰。虽然介生表现出了一份男子汉气概，但是被露柏媚真玩弄于鼓掌之间，被折磨得半死，这让大家十分紧张，只得从长计议。
身险囹圄的明美面对着金正的威胁再次选择了歌唱，明美的歌声让金正出现了明显的应激反应，他直接瘫倒在地上，然而正当明美以为自己的歌声起到了作用的时候金正一把捏住了他。原来长时间和地球人的交往金正早就接触了地球文化了，他讽刺了明美等人的幼稚，为了显示自己对于文化的理解金正还当着众人的面强吻了露柏媚。这让众人十分震惊，介生更是失落至极，因为想通过文化来感化对方已经不可能了。而被金正强吻的露柏媚更是春心荡漾，这两人居然成了一对，也正是让人哭笑不得。
面对着挟持了明美和介生的金正，未沙等人想出了一个调虎离山的计划，他们安排了几个天顶星人假装要投靠金正成功地骗取了金正的信任。随后他们谎称遭到了地球防卫部队的追击，为了效果逼真一些地球方面还派出了一部分机甲在后面穷追猛打。见到族人被地球人追杀，金正立刻热血上涌，他也不考虑是否有诈立刻率领大军倾巢而动，这正中未沙等人的下怀，未沙下令辉趁着敌人防卫空虚的时候立刻出击救出明美和介生。辉的眼神中流露出对明美的浓浓爱意让未沙十分吃醋，她的言语中明显带着一份醋意。然而此时满脑子都是明美的辉丝毫没有考虑到这些，他现在只有一个目的——救出心爱的明美。
敌人防卫的空虚让辉轻而易举地打到了金正的守卫部队救出了明美，劫后余生的明美紧紧地依偎在辉的怀里，此时他们有着千言万语却又说不出来。一旁的未沙看着自己心爱的人和明美搂在一起气不打一处来。此时正好总部传来信息包围金正的部队受到了金正猛烈的反击，金正逃跑了，此时醋意大发的未沙选择了让辉出击，这让辉十分生气，难得和明美重逢却又要离别，气愤的辉直接冲着未沙大发雷霆。未沙也觉得理亏，捡起了辉摔落的头盔温柔劝他要以自己的职责为重，扭不过的辉只得再次踏上追击金正的征途，留下明美在原地安然神伤。明媚的朝阳徐徐升起，三人之间的感情纠葛也愈发明显。
由于上次未沙的行为辉和未沙的关系变得紧张起来，未沙很想修复两人的关系，却又找不到机会跟辉开口，知心姐姐格罗迪亚看出了未沙的心结，她拿出自己刚刚得到的上好的红茶交给未沙，让未沙以品茶为理由约辉好好谈谈。然而当未沙好不容易把辉叫到指挥中心想要约他一起品茶的时候辉因为之前未沙的行为而对她没有好言好气，甚至辉还故意跟舰桥三人娘调情来气未沙，气得未沙拂袖而去。辉的行为让一旁的舰桥三人娘都看不下去了，她们把未沙喜欢辉的事情告诉了辉，然而反应迟钝的辉却表示这绝不可能，随后就离开看指挥中心。
白天被辉讥讽后的未沙心情十分低落，她独自漫步在macross市的街头，不知不觉间漫步到辉的房前，然而看着窗台辉的人影她却没有勇气踏入辉的家门，她有点想退缩了。此时淅沥沥的小雨点点落下，一个人打着伞来到了未沙的身边，正是格罗迪亚。格罗迪亚把未沙带到了自己的家中，她明白未沙还是有些矛盾，善解人意的格罗迪亚给未沙讲述了自己和福卡的过去。他们二人在非洲的前线基地相遇，那时候正是统合战争期间。福卡一开始给格罗迪亚的印象就是一个花花公子，因为在收到福卡的求爱礼物之后兴冲冲赶去约会的她却发现福卡和一群姑娘正玩的开心。气她当即打道回府。然而有一天的深夜福卡却主动打电话找到了她，电话里的福卡一改往日的嬉皮笑脸，他向格罗迪亚坦露了自己的心声。他每天都要在战场上厮杀，每一次的任务都有可能是他的最后一次。在这样的情况之下他很害怕去付出真感情，怕自己受伤同样也害怕他爱的人受到伤害。明天他就要执行危险的新型机试飞任务了，他真的很害怕，他只想和她说说自己的心里话，因为再不说可能就没有机会了。这通电话真正的让格罗迪亚了解了在平常嘻嘻哈哈外表之下的福卡，两人也真正成为了一对情侣。
听着格罗迪亚讲述她和福卡的情史未沙感触良多，格罗迪亚乘机开导未沙要多理解辉，多多主动坦白自己的心声。未沙听了之后想了想还是有些怯懦，就在此时电话铃响了，原来是辉。这小子在回到家后反复想着白天发生的事情，想着他和未沙的点点滴滴，终于确信了未沙是真的喜欢上了自己。他立刻跑到了未沙的家想跟未沙道歉，然而却扑了个空，这才有了打电话给格罗迪亚的事情。格罗迪亚趁机将未沙赶出自己的家，无所适从的未沙只得害羞地跟辉一起离开。在路上辉开口向未沙道了歉，两人终于敞开心扉坦率地面对了彼此的感情，在细雨绵绵的街道上漫步着……
自从上次双方消除了误解，未沙和辉的感情迅速升温，在一次例行巡逻之后，辉约未沙周末去公园野餐，未沙十分高兴地答应了。到了周末那天未沙开心地在家准备着菜肴，辉也在精心地打扮自己。突然辉接到了明美的电话，也不知是什么原因辉在听到明美声音的一开始居然没听出来是明美的声音。原来此时的明美正在一处巡回表演，她看地方离辉的城市不远就打电话想约辉一起共进午餐。辉原本打算拒绝然而明美却打起了感情牌，她表示自己可能很久都不会回来了，这让辉有些过意不去，他给未沙打电话想跟她说一下晚点到，然而未沙却早早的出门了，考虑再三的辉还是决定先去见一下明美。
此次和明美的见面也算是两年多来二人的第一次正式的约会，辉到达了餐厅看到明美非常热情地迎接了自己。这次二人的约会明美明显十分热情，而辉则有些心不在焉，只是和她有一句没一句地搭着话，这和两人之前的约会完全不是一个氛围。谈话间明美送给了辉一条带有自己名字缩写的围巾，还提到了之前辉曾经说过他爱过明美，明美试探性地问辉现在的想法。辉被明美这突如其来的话问得一时无言，毕竟他已经和未沙确定关系了，再提过去确实不太合适。正当辉不知道如何回到明美的时候介生赶了过来。原来明美是偷偷从演唱会跑出来的，介生让明美回去准备演唱会，而明美却耍起了大小姐脾气，她表示自己喝醉了不想参加晚上的表演。明美的行为激起了介生的怒火，他拿起一杯酒直接泼在明美的脸上，这一幕让辉十分尴尬，他想阻止介生却又不知从何说起。最终明美无奈地被介生拉走，辉也启程赶往和未沙的约会地。
然而好巧不巧的是辉在回程的途中遇到了天顶星人的暴动，这些天顶星人大肆破坏着机场等设施。军人的责任心促使着辉再次驾驶着镇暴机甲平定了这些天顶星人的暴动，而这也耽误了大量的时间，等他赶到约会地点的时候已经是晚上了。
未沙这边她早早地就赶到了约会的公园，静静地等待着自己的情郎。迟迟等不到辉的未沙也打电话去找过辉却没有找到，虽然有些不满但是她还是决定等辉的到来。等啊等啊，一直等到了路灯亮起，公园的游人都已经离去了辉还是没有到来，未沙感慨到自己感情上多么傻，可是她还愿意继续等下去，为了她所爱的人等下去。突然，一个熟悉的声音传来。是他，是辉来了，未沙激动不已，辉也跑到了未沙面前，他跟未沙道歉，而此时的未沙纵有千般不满在看到辉的那一刻也都烟消云散了。两人沿着公园散步起来，未沙依偎在辉的旁边，辉也将自己的围巾披在未沙的肩上。此时的未沙真的是说不出的幸福。然而当未沙低头看着辉的围巾时明美的缩写字母赫然映入眼帘。辉这么晚才来的原因不言自明，未沙带着生气与伤心的心情推开了辉，留下一句你表现错了人了后头也不回地走了。辉看到围巾上的字也猛然明白过来，他想和未沙解释可又不知从何说起。辉就这样在寒风飘雪中眼看着未沙远去。
被介生强行拉回的明美也好不到哪里去，此刻的她心情十分低落，面对台下众多歌迷期盼的目光她实在是唱不出来。以前她是因为喜欢而唱歌，现在的她却找不到以前的那种感觉了。任由着台下歌迷们期盼的掌声一边又一遍地响起明美还是无法歌唱。最终在众人失望的眼神中演唱会被迫终止。而明美和介生的关系也走到了尽头，介生感慨明美的不珍惜，她觉得明美辜负了广大歌迷对她的期望，失望至极的介生决定离开明美。在将自己的外套披在了明美身上之后介生跟明美做了道别。最终留下明美一人看着平静的湖面留下了伤心的泪水。
因为上次约会的事情未沙和辉的关系再次陷入低谷，知道自己做错了的辉很想向未沙表示歉意，但是未沙的却总是躲着辉。此时的未沙不知道如何面对辉，她深爱着辉，但是她所面对的是万人瞩目的大明星明美，这让未沙极度的自卑。她不知道如何面对目前的感情困境，她太爱辉了，她害怕失去辉，所以她选择了逃避。
离开了介生的明美辗转又回到了macross市，不愿回到歌星的生活的她在城里兜兜转转之后还是选择敲开了辉的房门。辉打开家门看着满头白雪的明美，此时明美失落至极。楚楚可怜的明美请求辉收留她，因为她实在是找不到还能去哪里。辉犹豫再三之后答应了她的请求，而着一幕却被鼓起勇气跟辉和好的未沙在门外听到。伤心至极的未沙默默地跑开了很远终于忍不住痛哭起来，她觉得自己终究还是没能敌过明美的巨大魅力，她再次失去了她深爱的人。
情场失意的未沙跑到酒吧喝得酩酊大醉，所幸未沙喝醉的样子正好被格罗迪亚发觉。
第二天未沙强打着精神来到作战中心，然而一波未平一波又起，金正又来搞事了。金正和他的手下们利用从地球人那边学得的修理技能将他的战舰修复完成了，现在的他只需要一台反应炉了，于是金正发起了对城市的袭击，抢夺反应炉。未沙想到了昨天看到的场景没有通知辉前往救援，最终由于金正的准备充分，他在撤离的时候在城里大肆破坏造成了极大的混乱，最终突破了疲于奔命的麦克斯夫妇等救援部队防卫成功夺取了反应炉。当从电视中得到了敌袭的辉驾驶着战机赶往现场的时候一切都已经太晚了。返航的辉找到了未沙，他质问未沙为什么不通知他，未沙告诉了辉昨天她看到的一切。辉听到了未沙的话之后低下了头，他不知道如何向未沙解释，伴随着周围点亮的霓虹灯和教堂响起的圣诞歌声，两人互相看着对方沉默不语。这一刻两人的感情近乎于到了绝境。
此时的明美正在给辉准备过圣诞的物资，当她看到电视中敌袭的画面之后心里十分紧张，她第一次感受到了辉军人生涯的危险，她也是第一次真正地担心起辉的安全。当她看到平安回来的辉的时候哭着抱住了辉，她恳求辉不要再留在军队里了，她不愿再让辉去冒险了，她希望辉能够陪在她的身边不要离开她。面对着楚楚可怜的明美，辉犹豫了，他当初参军也是为了保护明美，可是现在他的目的还是这个吗？虽然如此辉面对着含情脉脉的明美还是和她拥吻在一起……

在度过了一个孤独的圣诞节之后未沙万念俱灰，她决定离开这里，她决定离开军队。格罗迪亚得知了未沙的想法后来劝未沙，可是现在的未沙心灰意冷，她没有自信能够竞争过明美，可是她又太爱辉了，她不想还留在这里让辉难堪，所以她选择了离开。看到未沙心意已决格罗迪亚也不知道如何说起，只能同意了她的做法。正当未沙向古罗巴总司令表明了她的去意之后古罗巴舰长告诉了她一个经过深思熟虑后的计划，地球将率领一支舰队进行太空移民。原来在上次夺取了机器人工厂之后地球开启了扩军的进程，然而通过对之前天顶星人历史的研究之后发现他们过度发展军备之后陷入了之前原始文化的怪圈，只知道战争最终演变成天顶星人这样。为了避免这样的悲剧发生，地球需要进行太空移民，将地球的文化传播到尽可能远的地方。为此古罗巴司令想任命未沙为移民战舰的舰长，得知了这个消息的未沙选择了接受这项任务。对她来说与其这样离开军队不如投身到一项伟大的事业中去，这样可以为地球文明尽一份自己的力量，同时她也可以离开这片伤心之地。
而与此同时辉也在家中考虑着自己的将来，他拿起了心爱的飞机模型，想着这些年来自己走过的一切，以前的自己可以为了明美做任何事情，现在的他却在是否离开军队这件事情上犹豫了，自己现在留在军队的原因是什么呢？自己真的还爱着明美吗？辉自己也说不清了。虽然明美一直对他表示只要他能够放弃军人的身份她也愿意放弃大明星的身份，但是辉却迟迟没有给明美肯定的答复。就在这种矛盾纠结的情况下辉的门铃响了，辉借口去开门岔开看明美的话。当辉打开房门的时候发现是未沙站在门口，辉一愣，他不知道如何面对未沙。未沙告诉辉她已经接受了古罗巴司令的成为了太空移民战舰的舰长的请求，此次来找辉是和辉道别的，这突如其来的消息让辉十分震惊，一时间不知道说什么好。未沙强忍着自己内心的悲伤向辉解释了太空移民计划的必要性，随后她郑重地跟辉敬了一个军礼，随后说出了一直以来想跟辉说的话，一条辉，我爱你，然后再见了。随后再也忍不住的未沙哭着跑开了，意识到事情严重性的辉追了上去却被明美拦在面前，明美哀求辉不要去，因为他知道一旦辉去了就再也不会回到自己身边了，明美撕心裂肺地哀求着辉，辉愣住了。就在此时一阵剧烈的爆炸传来，原来之前获得了反应炉的金正已经将他的战舰修好，他利用低空飞行躲过了macross市的防卫，猝不及防地对macross市发动了突然袭击。
眼看着巨大的爆炸波袭来辉立刻将明美护在身下，可就在明美还惊魂未定的时候辉已经跑去找未沙了，此时的明美看着辉的身影远去伤心不已，她也不顾一切地追了上去，因为她感到自己将要失去辉了，她拼命地呼喊着辉的名字追着辉来到了受损的城镇中。在一片废墟之后辉找到了昏倒在地未沙，辉焦急地唤醒了未沙，未沙看着四周此起彼伏的爆炸场面明白了城市受到了攻击，军人的责任让她不顾自己的安危立刻要赶赴指挥中心，然而虚弱的她没走几步就晕倒了，辉一把搂住了未沙，他也要去保卫城市。此时的二人彼此四目相对，双方都明白了对方在自己心目中的地位，一切竟在不言中。冒着炮火追来的明美看到了二人的景象心急万分，她想尽自己最后努力挽回辉，然而这一切终究是徒劳的。辉最终选择了未沙，和未沙携手奔赴了战场。明美尽力地拉住了辉的手，想要留住辉，然而一切的一切都已经不可能回头了。辉松开了明美的手，义无反顾地奔向了战场。只留下了明美在原地伤心地一遍又一遍地呼喊着辉的名字……
赶赴战场的辉驾驶着战机在空中击杀着入侵的敌机，未沙也赶到指挥中心指挥作战。然而敌机的数量十分众多，macross的很多防卫设施都受到损伤，情急之下的未沙想到什么立刻带领着众人赶赴了macross的老舰桥，当她打开舰桥的舱门却发现古罗巴司令和格罗迪亚已经早早地在那里等候大家了，随后大家就像从前一样各自赶赴自己的工作岗位，macross再次起航！
沉寂了多年的macross号再次从地面缓缓升起，在众人的欢呼声中macross启动了主炮，一举重创了金正的战舰，然而已经疯狂了的金正驾驶着战舰疯狂地撞向macross号。由于之前的大战中已经严重受损，发射主炮之后的macross能量严重不足，此时的它已经无法躲避迎头撞来的战舰，辉等人虽然尽力破坏着敌人的战舰却也无济于事。最终金正的战舰直接撞上了作为macross右臂的代达罗斯号上，金正和露柏媚这对也手拉着手一起上了天。这一对也算是天顶星人中情真意切的一对了，没有同年同月同日生但是同年同月同日死，也算是符合了金正的浪漫吧。
大战结束之后，劫后余生的未沙和辉再次重逢，两人相互看着对方紧紧地拥抱在了一起，明美看着眼前的这一幕眼泪不禁夺眶而出。然而现在说什么都已经没有意义了，明美曾经有很多机会，然而都被她错过了，她从来没有真正理解过辉，而当她终于理解了辉的想法也愿意接受辉的想法的时候一切都已经太晚了。此时的明美只能祝福辉和未沙二人。最终在片片风雪之后明美告别了二人去追寻自己失去的梦想了，在明美远去之后未沙问辉就打算这样吗，辉则表示这是明美的选择，明美选定的事情不会改变的。渐渐地远处传来了明美的歌声，就这样辉和未沙人听着明美渐渐远去的歌声相拥在了一起。就这样传奇的初代Macross的故事也到此结束了。