《萌菌物语》故事以农学院为舞台，讲述一个东京农业大学的学生小文在学园里的日常生活，小文有着非凡的能力，能够用肉眼看到显微镜下才能观察到的细菌世界，于是在农大读书的他和同学、老师以及细菌们开始了一翻有趣的搞笑故事。
《萌菌物语DS》的游戏舞台设定在农业大学校内，同一般AVG一样，探索各个不同地区会发生剧情，而你的任务之一就是完成各种菌类的采集和培养。作为一款风格清新的AVG，游戏主要分为“探索部分”和“任务部分”，出现的人物也会是动漫原作中登场的角色。
“探索部分”
游戏的探索部分将会根据原著的故事，在校园中一边探索一边发展故事的剧情，可以说就是游戏的主要游戏模式，一起来体验下原著中那有趣的故事剧情吧！
