结果药是变不回去了不过用克隆的技术将工藤新一和宫野志保克隆出来，但柯南和灰原哀依然存在，作为小学生开始第二人生

克隆的工藤新一因为没有侦探的记忆但因为足球技术高超成了足球明星。柯南则继续为了名侦探，令和的福尔摩斯为梦想。克隆的宫野志保被保护去了美国进行一些生化知识的培训，继承了原来的科研成果和很多神秘人士们合作开发一些药物，成了工藤新一所在高校的教授。而灰原哀作为小女孩重新成长一次，和柯南成为真正的青梅竹马，高中被星探发掘成为偶像。