豹是一种在亚、非两大洲广泛分布的大型猫科动物，是大型猫科动物中适应能力最强、分布最广的种类。综合分子和化石两方面的证据，学者认为豹起源于非洲，后来才扩散到亚洲。

豹分布图，深黄色为现存分布，鲜红色为已经灭绝，紫色为可能分布，紫色带斜纹为可能灭绝。

21世纪初，分子遗传学研究者对各地豹的线粒体基因做了检测，据此将豹划分为9个亚种：非洲1个——非洲豹，亚洲8个——波斯豹、阿拉伯豹、印度豹、锡兰豹、爪哇豹、印支豹、华北豹、远东豹。然而，线粒体基因只能代表豹的母系血统，而忽视了同样重要的父系血统，因而未必可靠。

2001年，奥尔加.乌菲尔基娜的划分图，这种划分只是得到主流认可，本身存在样本缺乏和证据不足。

2021年来自德国波茨坦大学等多个机构的科研人员在《当代生物学》上发表了一项研究成果，研究期间科研人员共对26只豹子（14只非洲豹，12只亚洲豹）进行了全基因测序，根据掌握的基因组数据科研人员对不同豹亚种的基因差异进行科学的比较和分析。
从全基因组测序结果来看，非洲豹是现存遗传多样性最高的大型猫科动物，远超过亚洲豹、狮、虎、山狮、猎豹和猞猁，与亚洲东部数量众多的小小豹猫差不多。

豹与其他猫科遗传多样性比较，可以看出非洲豹与亚洲豹的差异。

通常情况下物种之间的基因差异要大于亚种之间的基因差异，然而令人惊讶的是研究人员发现非洲豹和亚洲豹之间的基因差异超乎想象——比棕熊与北极熊的基因差异还要大。非洲豹的遗传多样性非常高，平均是亚洲豹的2倍；在亚洲的几个豹亚种中，种群数量越少，遗传多样性越低，比如远东豹的遗传多样性要比印度花豹、爪哇豹都低，科学家发现非洲豹的遗传多样性大约是远东豹（东北豹）的4倍，是狮子的2倍，是猎豹的5倍。虽然非洲豹的遗传多样性高于亚洲豹，但是分异度低于亚洲豹，各种群之间隔离与分化不如亚洲豹明显。

遗传多样性对一个物种的生存和延续有十分重要的意义。较高的遗传多样性可以使动物在面对气候变化和栖息地破坏等问题时更具优势，科研人员认为非洲豹较高的遗传多样性让它们面临各类天灾人祸时比亚洲豹更有抵御能力。
亚洲豹和非洲豹的分化是在50万～60万年前，而北极熊和棕熊的分化大约在40万年前，后者是众所周知的两个物种，而现代狮和无鬃狮（洞狮一类）分化约48万年，亚洲豹和非洲豹之间的亲缘关系，居然比现代狮和无鬃狮还要疏远。鉴于基因分析的结果，科研人员认为亚洲豹和非洲豹可以被划分为两个物种。发展迅速的基因组学对传统的生物分类学提出了很大的挑战，比如在传统分类上云豹属仅有一个物种即云豹。2006年科学家经过基因分析发现，生活在巽他群岛的云豹和生活在亚洲其他地区的云豹存在高度的基因差异，其基因差异比狮子和老虎、雪豹和美洲豹之间基因差异都大。后来科学家就把巽他云豹独立出来单独列为一个物种，云豹属就从一个物种变成了两个物种——大陆云豹和巽他云豹。

全基因测序可全面挖掘基因组DNA水平的SNP/inDel/CNV/SV等各类遗传变异，其中三类SNP对于物种的遗传变异和种类鉴定比较重要。
Y染色体单核苷酸多态性（简称Y—SNP），Y—SNP单倍群是国际上按照一种遗传标记划分的Y染色体谱系，同属一个单倍群的雄性（对于雌性而言是其父系所属的单倍群），拥有最近的共同父系祖先，通过Y—SNP单倍群可以追溯父系血缘。
线粒体单核苷酸多态性（简称Mt—SNP），线粒体DNA（简称Mt—DNA）是物种基因组中存在于细胞质中的遗传物质，呈母系遗传无重组，Mt—DNA序列进化速率比核基因高，伴随物种进化历史，大量的SNP在Mt—DNA中逐渐产生和积累，这些特点使Mt—SNP成为研究物种起源进化和物种迁徙的理想遗传标记，通过Mt—SNP可以追溯母系血缘。

常染色体单核苷酸多态性（简称A—SNP），作为前两类SNP的重要补充，A—SNP也符合遗传规律，即子代的等位基因，一个来自父亲一个来自母亲。作为第三代遗传标记的SNP，是物种可遗传的变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90%以上，是在基因组水平上由单个核苷酸的变异，所引起的DNA序列多态性。SNP是指基因组内特定核苷酸位置上，存在两种不同的核苷酸，且其出现的频率大于1%。SNP在物种基因组中广泛存在，A—SNP的数量比前两类更多，其带来的诸多变异，造成了物种的各种表型差异，通过对A—SNP的研究分析，可以追溯物种来自父系和母系的遗传变异。

豹的“基因树”，图中的数值表示分离度，字母代表各经典亚种：TUL-安纳托利亚豹=波斯豹，FUS-印度豹，KOT-锡兰豹，MEL-爪哇豹，ORI-远东豹（包括华北豹），DEL-印支豹，PAR-非洲豹。

“基因树”显示，现代豹分为非洲豹和亚洲豹两大演化支，可进一步细分为分异度较高的6个单系群，自上而下为波斯豹、南亚豹、爪哇豹、东亚豹、巴巴里豹、非洲豹。
研究虽支持豹分为非洲、亚洲两个泾渭分明的分支，但也发现了两个较为特殊的种群——巴巴里豹和波斯豹（安纳托利亚豹）。

各地豹混血比例，西亚的波斯豹具有非洲豹的混血。

巴巴里豹，生活在撒哈拉沙漠以北的西北非地区。虽然巴巴里豹的基因组总体上属于非洲豹，但其中14%的基因指示它与亚洲豹更近，还有7%的基因与现代豹均较远。这个结果表明，当年的亚洲豹就是从西北非迁过去的，而且西北非很可能就是现代豹的真正发源地，而不是化石记录显示的东非。
波斯豹，生活在西亚北部，成年雄性平均体重67千克，最大可达90千克，是现存最大的豹亚种。对两地的波斯豹进行基因测序发现，虽然它们总体上属于亚洲豹，但其基因组中含有少量非洲豹的基因。巴勒斯坦的波斯豹=75%亚洲豹+25%非洲豹，阿富汗的波斯豹=90%亚洲豹+10%非洲豹。虽然非洲豹和亚洲豹自50~60万年前分化后就没有发生过大规模混血，但最近10万年发生过小规模的渗透，波斯豹基因组中含有少量非洲豹成分，就是那次渗透的痕迹。

新的基因测序结果出炉了，而且还是准确度极高的全基因组测序，但学界并未马上对豹的亚种进行重新修订，很大原因是这次研究还有一个缺失环节——阿拉伯豹。
过去的研究将非洲豹作为一个统一的亚种，这与现在研究发现的非洲豹多样性高但分异度低不谋而合。
从“基因树”来看，非洲豹也经过了多次分化，而且分化节点比亚洲豹的亚种还要早。但是，非洲豹各种群之间的基因分异度极低（普遍在10%以下），这说明非洲豹虽然在历史上分化过，但随后又因混血发生了融合。
比较特殊的是巴巴里豹，它很早就与其他非洲豹分开了，分异度也还比较高（37%），说明巴巴里豹与其他非洲豹的混血程度不算很高，这可能与5~7万年前撒哈拉沙漠的扩张有关。
非洲豹，要么维持单一亚种的分法，要么再分出一个巴巴里豹。

亚洲豹与非洲豹的分异度接近100%，而波斯豹与其他亚洲豹的分异度达到了99%，再加上其基因组内独特的非洲豹基因，波斯豹在亚洲豹中相当独特，其亚种地位应予承认。
研究未对阿拉伯豹的基因组进行测序，该亚种是存是废根本无从谈起。从地理位置来推测，阿拉伯豹基因组内很可能比波斯豹含有更多非洲豹成分。未来阿拉伯豹的测序结果不仅影响到该亚种的存废，也关系到亚、非两种豹的分与合。