在麦克阿瑟投降于清军后,广州南方学院迅速被清军占领,成为清军的战略重要点。随着清军的进驻,学院内的美军士兵被俘,并被囚禁在学院内的监狱中,虽然麦克阿瑟投降了,但他并没有放弃对南方学院的控制权。他秘密与其他美军指挥官进行联系,希望他们能从外部组织一次营救行动,与此同时,清军在广州南方学院设立了一系列的据点和防线,加强了对学院的守卫。他们意识到这座学校地理位置的重要性,希望能够将其作为进一步征服广州的基地,然而麦克阿瑟并没有放弃重新占领广州南方学院的希望。他意识到水源断对于清军来说同样也是一个巨大的问题。于是他决定在深夜对清军的水源供给系统进行袭击,并成功破坏了敌方的供水系统。这次袭击引起了清军的警觉,他们加强了对学校周围的警戒,但对于美军袭击的详细情报仍然没有发现。麦克阿瑟利用这个短暂的时机,继续组织美军士兵在学院内进行抵抗,在接下来的几周里,麦克阿瑟和他的部队与敌方进行了一系列的游击战和狙击战。他们利用学校内复杂的地形和建筑物进行掩护,对清军进行持续的袭击,这场持久的战斗造成了清军的困扰,他们无法有效地进攻学院。同时,麦克阿瑟和他的士兵继续向外部发出求援信号,希望能够得到其他美军部队的支援。然而救援行动并没有像预期的那样迅速进行,由于种种原因,援军迟迟未能到达学院。麦克阿瑟和他的士兵在持续的战斗中越来越疲惫和精疲力尽,最终,在战斗进行了近一个月后,广州南方学院的水管再次爆裂,水源完全中断。麦克阿瑟没有其他选择,只能决定投降于清军。