本人是骨钉粉丝最近看出了新作庭院就玩了一下，闲来无事总结了一下两作剧情。以下为本人的个人理解，不足之处欢迎指正
庭院和苍白花树的结尾歌曲才是真正的结局。庭院的主角为继承教授遗产来到了废弃别墅，此为故事的开端。路上遇到了红龙女士攻击但被山猫王救了，代价是晚上变猫，在遗嘱即将失效的最后一刻赶到，得到了阻止了别墅拍卖并成为嘉年华（超凡物品拍卖会）的东道主。为了还清巨债主角选择将别墅改造为旅社赚钱，在此过程中结识了人造人叶莹（小叶子），红龙耶夫娜，死神特莉波卡和斩灵家族唯一的幸存者霞露零。（有一个房间未解锁，但宣传片是有人的，日后可能会以DLC的形式添加一个新的Npc）。在经营旅社的过程中主角和妹子们发现自己的护身石蕴含着巨大的秘密，教授遗嘱被篡改，自己所谓的巨债也是修改认知造出的假象。教授并非是个普通的陨石和人工智能研究者，竟然是寰宇巨企hoba的创始人，而这个企业的k董事似乎是这一切的推手，为调查真相，主角在妹子们和陨石协会会长霓克斯的帮助下辗转各地，同时以支线任务的方式解开了自己和妹子们的渊源。
（此处来源为妹子们的感情支线任务）原来，红龙女士是自己穿越时空后用炼金术搞出来的（难怪初见时红龙说自己似乎见过主角），小叶子是教授将人类叶莹与炼金术搞出来的躯体结合的最高成就（教授搞了五颗灵魂石，主角和其他妹子各对应一块）。霞露零的家族上古时期与精灵联手对抗外神，但后来血脉稀薄力量衰弱，被k蛊惑猎杀精灵以其灵魂维持斩灵唐刀力量，最终诅咒爆发全村死光，特莉波卡是大死神，被其他三个死神分食后蛊惑欠下无法还清的债务，在主角帮助下决定反抗，杀了一个大死神后成为死神塔最高统治者夜之主。
主角在此过程中反复进入梦境中的黑星镇，见到教授后逐渐了解了“黑星”的始末，认识了曾经的大贤者赫尔墨斯，数次侵入hoba总部，最终了解了极光会，hoba的阴谋。为阻止他们，主角在嘉年华用逆生命炼金阵献祭所有反派，分离人性成为了真正的贤者之石，接受了泡泡的邀请漫步于寰宇。妹子们在等待了一段时间后明白主角不会回来了（神性没有感情，温暖的记忆也成为识海河流中漂浮的碎片）就各奔东西了（对应歌中每个人的结局），只有小叶子还在经营着旅社等着主角回归（长梦无尽时），随便给了被删除记忆的“人性”一笔钱。主角的人性部分开启新的旅程。赫尔墨斯复活了k，也踏上了寻找其他黑星的旅程，庭院完。
主角的人性部分在收集陨石的过程中认识了侄女（没多少血缘关系）白殊。在死而复生的k和陨石协会会长的引导下重新凝视了深渊，一番调查了解了天启落星的事情和白家为封印落星所经历的献祭与痛苦。在此期间就是各种解谜，甚至穿越时空回到了百年前，附身到了白家大少爷和小姐的身上见证了百年前泡泡瘟疫肆虐以及前代“神女”的献祭，一场大火埋葬了一切，直到教授来临。
为了让白殊摆脱献祭的命运，张析木教授试图用炼金阵替换法让主角代替白殊，但是后悔了。终止阵法，抹去了主角的记忆。原来主角和白殊小时候就认识，在教授的干涉下才分道扬镳的，心里有愧，难怪教授对主角这么好。这时k先生又登场了，主角懒得理睬这个疯子，但这却给了k以可趁之机，蛊惑了主角的小副手林丹若，将白殊引入研究所地下炼金阵，希望将白殊献祭给黑星（种子），创造出最终怪物。这一切都是k谋划的，百年的献祭和痛苦只为了喂养黑星，谋划百年只为了得到神女的血脉与黑星融合成为最强大的怪物。但主角的干涉使得k的计划又落空了（之前神性面拿走了黑星也是破坏了k的计划）。
主角的人性面希望白殊摆脱宿命（那是祖先的事情现在新时代了与白殊无关），并且见到了初代神女使得白殊有了选择的机会（与树融合成为神灵封印落星还是回归人类的身份），但白殊为了守护一方还是选择了成神。最终古树开出苍白繁花，主角在树下见到了白殊的灵魂体后决定寻找k，彻底终结一切。但白殊家族的封印其实是失败的，由于k留了一手，用林丹若与黑星融合创造了一个垃圾怪物（聊胜于无），最后带着丹若和赫尔墨斯踏上了追逐第三个天启落星的旅途。苍白花树完
由于先出的繁花篇后出庭院，因此两作之间有些剧情衔接并不是很流畅。主角参与了两代剧情，但并未解释主角的来历，主角天生便拥有接触外神却基本不受影响的能力（换一般人召唤神谕早疯了），可见身世绝对不一般，另外，两作中除了主角只有k和霓登场，其他的角色全不见了，而且繁花篇这俩人完全没有一点曾经认识主角的表现。霓这边可以解释为小叶子打了招呼，但其他人无法解释为什么不出场甚至没有提到过。就好像庭院的事情没发生过。k对主角的态度也很耐人寻味，明明破坏了自己两次计划还杀了自己一次，可非但没有怨恨复仇的表现反而有意无意引导主角，他的最终目的是什么。梅麟与又去哪了。这一切只能等骨钉新作填坑了。