袁崇焕冤杀毛文龙，开启了明末最为恶劣的文武之间信任关系崩溃。
从法理上讲，毛文龙作为朝廷理论上最高品级的武官，拥有独立开府权力的高级镇将，拥有先皇亲敕的尚方宝剑，他，其升迁贬职乃至生死只有现任皇帝才能定夺，甚至，就连免职都需要有正经八百的圣旨而非中旨，又岂能是你圆嘟嘟能擅专的？
现实中，因为皇帝前期对于圆嘟嘟的偏袒偏信，圆嘟嘟通过很多手段来卡东江镇毛文龙的补给，最后逼得毛文龙要么造反掀桌子，要么只能乖乖来圆嘟嘟面前认怂。毛文龙没想造反，所以只能选择来认怂，结果，圆嘟嘟就以那非常可笑可疑堪比莫须有的十大罪，擅自杀了毛文龙。
这在现实层面造成非常恶劣的政治影响，抛开其对朝廷法理纲常的严重破坏不提，单讲此事件无疑震惊了大明朝上上下下的广大武官武臣们，并迫使其不得不终于认清了一个现实，那就是你哪怕作到大明武官的顶点，拥有上柱国名号，开府权力乃至尚方宝剑也护不得自己的性命，那些文官大头巾们只要铁了心想杀你，只需把你骗出来就直接砍头，连理由都不给。至于事后，人都死了，事后朝廷如何追责如何处置还有个屁用？
以前副将，总兵给县令下跪如同仆役也就算了，好歹还有些规矩，但现在，这些文官大头巾们是彻底不拿武将武官当人看了，简直如同家畜一般！这谁能忍？
现实世界的底层逻辑，终究是以绝对力量，绝对暴力为根本的，说一千道一万，在面对生死安危之际，手里的刀枪总比笔杆子有效！
那么，作为一名武臣，你该如何自保？朝廷，皇帝？统统靠不住，就算能追责，那也是事后了，没有意义了。所以，不想死，就得藩镇化，拥兵自重，重现晚唐五代牙兵牙将的跋扈与暴虐，正所谓——老虎不离山，蛟龙不离渊，我有军队护卫，你个文官怎么杀我？
典型就是左良玉……
如此，明末再现了晚唐藩镇化的恶果。武将们从此不再如之前那般听话了。帝国的统治基石，就此开始逐渐崩解……就冲这一条，剐了圆嘟嘟就不算冤枉他！
另外，从明末以来，毛文龙在明末那些明朝遗民的著作与文献中，基本上都是正面评价，双岛杀毛文龙堪比风波亭杀岳飞，虽然毛文龙远远比不了岳飞，但好歹是忠诚于国家朝廷的大将，好歹能牵制建奴，等毛文龙一死，建奴就彻底放飞了，前前后后在崇祯朝破关入侵多少次？最远都打到了淮北！这在毛文龙活着，东江镇没乱之前是完全不可想象的！