1.旧日余音。
仅纵欲系和禁欲系可触发，开局一年后会出事件询问你是否开启旧日余音剧情链，主要内容为追根溯源，探索已经毁灭的旧帝国的秘密。期间会经历多个考古，直到到达无光之地与旧萝（旧帝国公主铃，也叫铃宝）对话结束。
此剧情链为天罚线前置，但并不影响后续结局及其他事件链触发。

2.天罚。
仅纵欲系和禁欲系可触发，纵欲系与禁欲系的共通主线。
在完成旧日余音线后，在调和之渊的弁天（多彩宇宙的观测者，也叫蓝毛）处，购买10个秘密后解锁，可以选择性触发。
若已经触发了其他线或者其他本mod的末期天灾，则无法触发天罚线。
天罚线包含多个支线结局，一个主线结局（旧日余音）和一个隐藏结局（云海之上），请自行探索。

3.天神。
仅纵欲系可触发。
完成完美之躯飞升后，色欲圣会会询问你是否成为天神的侍者，若此时选择信仰天神，则进入天神线，解锁超维接触飞升，随着剧情推进解锁天神科技，并且在最后解锁一个天神星系欢愉圣域。
解锁欢愉圣域后，天神线就已经结束了。

4.深渊。
仅纵欲系在完成天神线后，殖民天神之典才可触发。
不殖民天神之典，只殖民外面的环，不会触发深渊线。
深渊线是无法阻止的天灾结局，进入这条线后你就是绝对的天灾，没有挽回的余地。
在完成几个深渊线的特殊项目后，会在天神之典处触发深渊线的末期天灾，天国。
击败天国后，会有一段小剧情（推荐至少使用过一次多彩银河的联邦国民理念后再推进深渊线）。
此时获得遗珍天神之典，并达成深渊线结局《来自深渊》。

5.永不消逝。
全种族通用，需要不进入其他线或者达成其他结局。
游戏时间到达末期后会随机触发，每年来的几率都会提高。
若关闭了原版的末期天灾生成，则不会触发这个结局。
主要内容为末期天灾淫触之虫。
选择任意难度淫触之虫并在击败其后，选择处决，一年后会自动触发永不消逝事件，获得淫触之心遗珍，达成结局《永不消逝》。

6.永不消逝分支
触发前提同5.
1）bad end：触发淫触之虫后，选择简单、普通、困难三个难度下，击败淫触之虫且未选择处决，则进入bad end《末日圣母》。
2）同化：不进入爱莉希雅线（开局遇到爱莉时不对爱莉表白），触发淫触之虫后，选择加入淫触之虫，那么在淫触之虫击败所有敌对国家后，与淫触之虫一起达成游戏胜利，达成结局《同化》。
3）我即虫群：以淫触之虫种族击败末期天灾淫触之虫后，可以触发结局《我即虫群》。
淫触之虫种族加入末期天灾淫触之虫，触发的也是《同化》结局。

7.旧日不在。
触发前提同5。
选择炼狱、OMG难度的淫触之虫并在击败其后，触发旧日不在事件。主要内容为旧萝与虫萝的往事，并解锁虫萝的名字。此时若选择放过淫触之虫，则在一年后的永不消逝事件中会获得虫萝，并达成《旧日不在》结局。

8.珠泪哀歌。
全种族通用，需要不进入其他线或者达成其他结局，并且在末期前完成考古遗迹珠泪哀歌，且游戏内有机械爹堕落帝国存在。每种存活的种族都会提高珠泪哀歌天灾的触发几率。
在这个天灾剧情中会解锁一些旧帝国的往事，倪克斯的往事和玲宝的往事。
击败末期天灾塞壬后，获得遗珍人鱼之泪，并达成结局《跨越时空的夙愿》。

9.爱莉希雅。
在首次遇到爱莉希雅时，打开隐藏选项并选择表白，则默认进入爱莉希雅线。每抽奖达到一定次数，爱莉希雅就会颁布给你一个任务。完成全部任务后会获得爱莉希雅的打工任务，并获得爱莉希雅领袖。

10.多彩探险家。
多彩探险家的考古遗迹，与一些多彩的异常事件有剧情联动。
主要内容为两位先驱者的考古故事，始于地下监狱，终于一本书。在地下监狱时会进行一次随机roll点，决定你这一局的视角是哪位先驱者。

11.应许之地。
非破灭之光起源的圣歌少女系飞升剧情，通过完成圣歌少女系飞升解锁。讲述一个种族自我救赎、自我升华的故事，在到达应许之地后结束。获得光天神原星系后，解锁应许之地遗珍。

12.孤星余晖。
前置为11.
在拿到应许之地遗珍后，不使用该遗珍，一段时间后会触发新的剧情线。
讲述了一段被永远抹去的历史。
在该剧情线中击败末期天灾后，达成结局《孤星余晖》。同时应许之地遗珍的效果变更。

13.星海RBQ领袖
在国家RBQ计划通过后，没有直接反抗，而选择派遣领袖前往星海共同体谈判解锁。根据你派遣的领袖不同，触发的剧情也不同。
（爱莉希雅被派去的话也会触发一套不同的剧情）