从遥远的过去延续下来的光之巨人与黑暗巨人的战斗
在《ULTRAMAN》中登场的奈克斯特奥特曼=诺亚奥特曼和异生兽=THE ONE的战斗，被后来的《奈克瑟斯奥特曼》所继承，诺亚和黑暗扎基的战斗，从比《ULTRAMAN》和《奈克瑟斯奥特曼》时代还要早数万年以上的M80天蝎座球状星团开始。在那里，存在着具有高度智慧的生命体。
其母星被异生兽袭击时，光之巨人诺亚奥特曼出现，拯救了危机。但是，由于在那场战斗中消耗能量的诺亚陷入了沉睡，智慧生命体作为对抗异生兽的对策，诞生了模仿光之巨人的人造巨人“终极兵器·扎基”。之后，扎基知道自己是仿造品，对扭曲的自我觉醒的扎基，变成黑暗扎基而暴走。智慧生命体通过爆炸自己的母星来阻止危机，“光量子信息体”散落在宇宙中。
不久，其中一部分成为“来访者”飞到地球上后，在心灵感应中与人类取得了协奏，传达了母星的惨剧在地球上也会反复发生的事情。另一方面，包含了黑暗扎基的信息的「异生兽因子」也飞来，依附于来访者的研究的山冈一。得知同样是来访者的研究者西条博士的女儿凪继承了光后，杀害了博士，给凪种下了恐怖。
之后，变成蓝色发光体的异生兽飞到地球上，与有动贵文融合，变成了异生兽。作为红色发光体飞来的诺亚奥特曼也与真木舜一融合成为奥特曼，展开了激战。由于来访者创造的“忘川”，虽然将人们抹去异生兽的记忆，但忘川的屏障减弱，从忘川的残留细胞中再次诞生了异生兽。……一直到如扎基所料凪变成了奈克瑟斯，通过吸收光的能量，作为黑暗扎基复活，但是从凪手上继承了光的孤门一辉，变身奈克瑟斯—诺亚奥特曼，战神了黑暗扎基。
另外，在《奈克瑟斯》的剧中，由于没有描绘诺亚与孤门分离的样子，所以之后的详细情况不明，但超越空间存在的诺亚在《赛罗奥特曼THE MOVIE超决战！贝利亚银河帝国》中，展现了作为“别宇宙之神”的姿态。
由于黑暗扎基和异生兽的袭击，亲手爆破母星的智慧生命体=来访者，以前是人类的身姿，不过，成为光量子信息体分散到宇宙。在TLT的巨大水槽中，像水母一样的生物（照片），这是为了适应地球环境的一种形态。
在新宿的TheOne和奈克斯特奥特曼的激战后，为了忘记异生兽的恐怖，进一步抑制异生兽的实体化，根据来访者的技术，在世界各地启动了对异生兽出现控制系统“忘川”。但是，之后屏障减弱，又出现了异生兽（形象画）。
在来访者的星球上肆虐的黑暗扎基和异生兽们。在黑暗扎基的后方，发生了用于爆炸行星的武器爆炸（形象画）。