肛周脓肿经肛周皮肤行脓肿切开引流术后，该切口形成外口或自行破溃，可导致肛瘘。

肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为特异性感染所致，如结核、克隆病、溃疡性结肠炎等所引起的肛瘘。直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘，直肠恶性肿瘤溃破也可形成瘘管。但都少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。

外伤、食物中的骨头、吞咽金属等物品、肛门镜检查、肛门体温计测体温等损伤肛管直肠情况，可导致细菌侵入伤口引起肛瘘。

内痔注射误入肌层或手术后感染、产后会阴缝合后感染等情况，均可波及肛门直肠引起脓肿和瘘。

长期食用辛辣、油腻的食物可以改变排便习惯和性状，继而导致便秘或腹泻，可增加肛周脓肿及肛瘘的发生率。

血糖控制不佳后会有全身各部位感染的风险，可伴随出现肛瘘。