利用番茄丛矮病毒突变体与宿主基因进行双重重组,恢复野生型病毒
Restoration of Wild-Type Virus by Double Recombination of Tombus virus Mutants with a Host Transgene
在接种野生型病毒时,用番笳丛矮病毒(TBSV)的外壳蛋白基因改变了烟草benthamiana植株,并没有引起有效的病毒抗性。随后,来自13个转基因株系的R1和R2的后代用TBSV突变体接种,含有缺陷的外壳蛋白基因。在未转化植物中,感染了TBSV突变体的植株中出现了轻微症状。然而,在2到4周内,多达20%的转基因植物偶尔开始发展为致命的野生型病毒感染综合症特征。这些植物的RNA杂交和免疫印迹分析,和未转化烟草benthamiana从转基因株系中接种病毒,表明野生病毒是通过有缺陷病毒和外壳蛋白转基因之间的双重重组事件再生的。在TBSV缺失突变体中含有核苷酸序列标记与黄瓜嵌合体坏死病毒(CNV)含有缺陷的TBSV外壳蛋白基因得到了类似的结果。在这两种情况下,纯化的病毒微粒含有野生型TBSV RNA或CNV嵌合RNA,利用转基因外壳蛋白mRNA重组。这些结果表明,重组型的番茄丛矮病毒可以经常出现在病毒基因表达的转基因植株上。
在本研究中,我们研究了转基因的烟草benthamiana植株是否表达了番茄丛矮病毒(TBSV)外壳蛋白RNA,能够抵抗TBSV感染,如果它们能够与TBSV或黄瓜坏死病毒(CNV)的衍生物重组,就无法表达功能性的外壳蛋白。之所以选择外壳蛋白突变体是因为它们可以建立全身性感染,然而,引起的症状相对较轻。轻度突变表型及其转化为致死综合征,从而提供了一个方便的测试,由此我们能够直观地识别可能的重组体。通过对这些植物的分析表明,发现突变体与转基因植物的双重重组有可能使野生型病毒再生,能在受感染的植物中占优势地位。
试验结果
TBSV外壳蛋白转基因不能引起有效的抗病性。
烟草benthamiana植株通过TBSV的外壳蛋白基因转化,以评估对TBSV感染的抗病程度,和选择150r0独立转化植株,以抵抗卡那霉素。自花授粉后种子被收集,种子萌发后用Northern杂交技术对发芽植株的总RNA提取物进行分析,以评估外壳蛋白mRNA表达和积累(数据未显示)。从转基因植物中分离出的基因组DNA的Southern印迹分析表明,单次整合发生在不同的位点上在10条不同品系的基因组中(未显示数据)。Western 印迹(免疫印迹)的分析是为了评估蛋白质的表达水平,但我们无法检测到这些植物中任何一种植物的外壳蛋白,能检测到每毫克植物组织(未显示的数据)不到100 ng的蛋白质。
从72株转基因植物表达外壳蛋白mRNA进行测试的能力抵抗野生型TBSV感染来源于pTBSV-100(赫恩et al.1990)副本(图1)。在这些实验中,R1后代(每株系20株)植物注射1/5,000稀释液(大约1 ng / ml)TBSV感染的sap。大多数受感染的植物产生致命反应,这是区分的未转化烟草benthamiana植株如图2A所示。这种反应的特点是出现了一种轻微的嵌合体,在接种后3天的后出现淡黄色斑点(dpi),随后发展为局部坏死性病变。1周后出现顶部坏死和脉管破裂,这些植物通常死于9 dpi。然而,来自13个独立株系的植物(表1,显示其中的6条),在使用稀释物接种后,在接种后1至2周出现症状 (wpi周) ,但是,在2到4个wpi中,其余的植物也逐渐坏死并死亡。在同一株系的植物中,在接种高浓度的TBSV病毒粒子(数据未显示)后,更极端的感染发生在接种后,只有不到20%的植物存活超过10 dpi,所有的植物都在2到4个wpi之间死亡。在病毒浓度最高时(1 mg/ ml)中,接种的植物迅速发展坏死综合征,2个wpi死亡。此外,转基因植物接种TBSV进行体外转录时也导致了TBSV症状的迅速出现,并导致植株死亡(数据未显示)。这些结果表明,这些特殊的转基因植物的株系,无论是对野生型病毒或RNA感染不能产生有效的外壳蛋白介导的抗性


一种TBSV外壳蛋白缺失突变体和外壳蛋白转基因mRNA重组产生野生型病毒。
确定抗性是否表达了反对TBSV衍生物比野生型TBSV引起症状轻微,植物接种T -∆cp RNA(图1),在外壳蛋白基因中有少量缺失和未处理致命性疾病综合症(图2 b;和Scholthof 1993)。这个突变体有46个核苷酸(nt)缺失,产生一个下游移码和过早终止九个密码子。外壳蛋白缺失涉及编码区域的大部分带正电荷的R域,被认为与病毒体中的RNA相互作用。由缺失突变引起的全身性症状比野生型病毒感染致命综合症严重程度低。这些症状包括轻度嵌合体和叶片扭曲,局部坏死和发育不良(图2C)。然而,T - ∆cp在2 wpi,一些R1和R2的植物转基因后代开始表现出脉管崩溃和死亡(图2 d)。有趣的是,在接下来的2周的观察中,植物开始死亡的时间是相当多变的。
图2

最终,12 - 20%的植物在六个最广泛的测试株系表现出致死综合症(表2),形成鲜明对比,所有的未转化的对照植物接种T -∆cp RNA通过开花保持着轻微的系统性表型。

来自六个株系的植物叶组织接种T∆CP RNA后对病毒微粒的存在进行了测试,显示迟发性致死反应。其他几个T -∆cp-感染植物来自相同或不同的株系,只有轻微的表型被用作对照。琼脂糖凝胶分离后,病毒微粒可以通过免疫印迹分析检测到(图3)。病毒微粒恢复来自于未转化的对照植株感染野生型TBSV(图3,车道6),和来自转基因植物接种T -∆cp后发展成致死综合症(图3,车道14)。未受感染的植物提取物没有明显的病毒微粒(图3,车道1),来自未转化植物感染T -∆cp(图3,车道2),或来自转基因植物接种T -∆cp后表达轻微表型(图3,车道10)。

转基因植物接种T -∆cp后积累的病毒微粒,可能是由于在转基因植株中突变体和外壳蛋白表达的互补,或转基因mRNA和外壳蛋白缺陷突变株的重组。为了区分这两种选择,从生长坏死综合症植物中分离出纯化的病毒微粒,用于接种未转化的烟草benthamiana植株。我们预计从突变RNA的转录作用感染会产生轻微的表型,不会产生病毒微粒。相比之下,从T -∆cp和外壳蛋白mRNA转基因之间重组产生的重组病毒,会导致植物伴随大量病毒微粒的积累而死亡。每一种未转化的烟草benthamiana植株感染了从转基因植物中纯化的病毒微粒,发生致命反应后产生野生型病毒症状,并且可以从这些植物中提纯病毒微粒。(数据没有显示)。研究结果表明,在外壳蛋白转基因与缺陷病毒之间的重组事件生成功能型病毒。
在另一系列的实验中,我们未转化的植物共接种T - ∆cp每毫升120µG 和野生型TBSV浓度从每毫升200ng到120µg。在所有情况下,植物产生了野生型致死综合症,并含有病毒微粒(数据没未显示)。这些结果表明,野生型病毒比T -∆cp突变体能够更有效地竞争全身活动,他们认为假定的重组,出现在主要受感染的植物的T -∆cp迅速感染。
一个TBSV 外壳蛋白突变体含有标记与一个CNV嵌合蛋白缺失突变体与植物转基因的重组
为了验证这种重组,而不是与野生型病毒的污染,我们进行了几个对照实验。设计了两种标记结构来具体识别重组后代。第一个是TBSV外壳蛋白缺失突变体,TSpe∆cp,包含一个SpeI酶切位点,位于外壳蛋白编码区的上游(图1)。我们还构建一个相关的番茄丛矮病毒嵌合体,指定Ch -∆cp(图1),我们用TBSV外壳蛋白缺陷基因替换了CNV外壳蛋白,与出现在T -∆cp的相同。Ch -∆cp还包含SpeI酶切位点作为一个标记。
作为第一步,我们想要确认由标记结构引起的表型。当来自TSpe -∆cp和Ch -∆cp突变体的RNAs被用来接种未转化植物,只观察到轻微的表型(图2 b)。相比之下,等效的野生型病毒(TSpe,Ch,CNV;图1)引起严重的致死性表型(图2A)。从这些植物免疫印迹分析表明,只有当野生型结构被用作接种物时病毒微粒才存在(图3,车道7,8,9),但不存在于未转化植物感染TSpe -∆cp和Ch -∆cp突变体(图3,车道4和5)。
当来自TSpe -∆cp和Ch -∆cp的RNAs被用来接种转基因植物,大多数植物造成的轻微症状类似TBSV缺失突变体与未转化植物(图2 c)。然而,平均从一个株系14%的植物感染TSpe-∆cp,和六个株系的16%植物被外壳蛋白缺失嵌合体侵染,Ch -∆cp(表2),开发了野生型,TBSV-像致命的症状(图2 d)。这些结果表明,TSpe -∆cp和Ch -∆cp还可以与转基因进行重组。在琼脂糖凝胶中分离病毒后的额外的血清学分析显示,转基因植物中表现出致命症状的病毒颗粒的存在(图3,车道16和17条),但在存活的转基因植物中却没有(图3,第12和13条)。
为了更详细地分析转基因植物中致死性坏死的病毒RNA,我们进行了Northern杂交和序列实验。为Northern印迹分析,总RNA分离自未转化植物接种T -∆cp,TSpe-∆cp和Ch -∆cp作为对照,或未转化植物接种野生型衍生物TBSV, TSpe和Ch。RNA也同样分离自转基因植物感染外壳蛋白缺失突变体后(T -∆cp,TSpe-∆cp和Ch -∆cp)轻微和严重表型。杂交探针,我们使用了寡核苷酸cpNB(5′CCCTGCAAGGCTGTGGCCC 3′),该序列在用于感染的突变体中不存在T -∆cp,TSpe-∆cp和Ch -∆cp。图4所示的结果表明,RNA从健康组织中分离(图4,车道1)或未转化植物感染T -∆cp,TSpe-∆cp,Ch -∆cp后,未能与cpNB寡核苷酸杂交后产生一个信号(图4,车道2,4,5,分别)。相反,RNA来自于未转化植物感染了这些突变体的野生型版本(无外壳蛋白缺失)TBSV、TSpe和Ch,与寡核苷酸杂交(图4,分别为6、7和8车道)。然而,野生型CNV与cpNB寡核苷酸(图4,车道9)中表现出较弱的杂交,我们认为这是不匹配的杂交,因为CNV只包含了cpNB序列中19个nt中的10个。只有RNA来自于转基因植物的感染了T -∆cp,TSpe-∆cp和Ch -∆cp发展致死综合症后与cpNB寡核苷酸有很强的杂交信号(图4,车道15,17,18分别),而从表达轻微症状的转基因植株中提取的RNA中没有发现信号(图4,车道11、12和14,分别)。这些结果表明,转基因植株发生致死综合征的含有重组的缺失序列已恢复。
Restoration of Wild-Type Virus by Double Recombination of Tombus virus Mutants with a Host Transgene
在接种野生型病毒时,用番笳丛矮病毒(TBSV)的外壳蛋白基因改变了烟草benthamiana植株,并没有引起有效的病毒抗性。随后,来自13个转基因株系的R1和R2的后代用TBSV突变体接种,含有缺陷的外壳蛋白基因。在未转化植物中,感染了TBSV突变体的植株中出现了轻微症状。然而,在2到4周内,多达20%的转基因植物偶尔开始发展为致命的野生型病毒感染综合症特征。这些植物的RNA杂交和免疫印迹分析,和未转化烟草benthamiana从转基因株系中接种病毒,表明野生病毒是通过有缺陷病毒和外壳蛋白转基因之间的双重重组事件再生的。在TBSV缺失突变体中含有核苷酸序列标记与黄瓜嵌合体坏死病毒(CNV)含有缺陷的TBSV外壳蛋白基因得到了类似的结果。在这两种情况下,纯化的病毒微粒含有野生型TBSV RNA或CNV嵌合RNA,利用转基因外壳蛋白mRNA重组。这些结果表明,重组型的番茄丛矮病毒可以经常出现在病毒基因表达的转基因植株上。
在本研究中,我们研究了转基因的烟草benthamiana植株是否表达了番茄丛矮病毒(TBSV)外壳蛋白RNA,能够抵抗TBSV感染,如果它们能够与TBSV或黄瓜坏死病毒(CNV)的衍生物重组,就无法表达功能性的外壳蛋白。之所以选择外壳蛋白突变体是因为它们可以建立全身性感染,然而,引起的症状相对较轻。轻度突变表型及其转化为致死综合征,从而提供了一个方便的测试,由此我们能够直观地识别可能的重组体。通过对这些植物的分析表明,发现突变体与转基因植物的双重重组有可能使野生型病毒再生,能在受感染的植物中占优势地位。
试验结果
TBSV外壳蛋白转基因不能引起有效的抗病性。
烟草benthamiana植株通过TBSV的外壳蛋白基因转化,以评估对TBSV感染的抗病程度,和选择150r0独立转化植株,以抵抗卡那霉素。自花授粉后种子被收集,种子萌发后用Northern杂交技术对发芽植株的总RNA提取物进行分析,以评估外壳蛋白mRNA表达和积累(数据未显示)。从转基因植物中分离出的基因组DNA的Southern印迹分析表明,单次整合发生在不同的位点上在10条不同品系的基因组中(未显示数据)。Western 印迹(免疫印迹)的分析是为了评估蛋白质的表达水平,但我们无法检测到这些植物中任何一种植物的外壳蛋白,能检测到每毫克植物组织(未显示的数据)不到100 ng的蛋白质。
从72株转基因植物表达外壳蛋白mRNA进行测试的能力抵抗野生型TBSV感染来源于pTBSV-100(赫恩et al.1990)副本(图1)。在这些实验中,R1后代(每株系20株)植物注射1/5,000稀释液(大约1 ng / ml)TBSV感染的sap。大多数受感染的植物产生致命反应,这是区分的未转化烟草benthamiana植株如图2A所示。这种反应的特点是出现了一种轻微的嵌合体,在接种后3天的后出现淡黄色斑点(dpi),随后发展为局部坏死性病变。1周后出现顶部坏死和脉管破裂,这些植物通常死于9 dpi。然而,来自13个独立株系的植物(表1,显示其中的6条),在使用稀释物接种后,在接种后1至2周出现症状 (wpi周) ,但是,在2到4个wpi中,其余的植物也逐渐坏死并死亡。在同一株系的植物中,在接种高浓度的TBSV病毒粒子(数据未显示)后,更极端的感染发生在接种后,只有不到20%的植物存活超过10 dpi,所有的植物都在2到4个wpi之间死亡。在病毒浓度最高时(1 mg/ ml)中,接种的植物迅速发展坏死综合征,2个wpi死亡。此外,转基因植物接种TBSV进行体外转录时也导致了TBSV症状的迅速出现,并导致植株死亡(数据未显示)。这些结果表明,这些特殊的转基因植物的株系,无论是对野生型病毒或RNA感染不能产生有效的外壳蛋白介导的抗性


一种TBSV外壳蛋白缺失突变体和外壳蛋白转基因mRNA重组产生野生型病毒。
确定抗性是否表达了反对TBSV衍生物比野生型TBSV引起症状轻微,植物接种T -∆cp RNA(图1),在外壳蛋白基因中有少量缺失和未处理致命性疾病综合症(图2 b;和Scholthof 1993)。这个突变体有46个核苷酸(nt)缺失,产生一个下游移码和过早终止九个密码子。外壳蛋白缺失涉及编码区域的大部分带正电荷的R域,被认为与病毒体中的RNA相互作用。由缺失突变引起的全身性症状比野生型病毒感染致命综合症严重程度低。这些症状包括轻度嵌合体和叶片扭曲,局部坏死和发育不良(图2C)。然而,T - ∆cp在2 wpi,一些R1和R2的植物转基因后代开始表现出脉管崩溃和死亡(图2 d)。有趣的是,在接下来的2周的观察中,植物开始死亡的时间是相当多变的。
图2

最终,12 - 20%的植物在六个最广泛的测试株系表现出致死综合症(表2),形成鲜明对比,所有的未转化的对照植物接种T -∆cp RNA通过开花保持着轻微的系统性表型。

来自六个株系的植物叶组织接种T∆CP RNA后对病毒微粒的存在进行了测试,显示迟发性致死反应。其他几个T -∆cp-感染植物来自相同或不同的株系,只有轻微的表型被用作对照。琼脂糖凝胶分离后,病毒微粒可以通过免疫印迹分析检测到(图3)。病毒微粒恢复来自于未转化的对照植株感染野生型TBSV(图3,车道6),和来自转基因植物接种T -∆cp后发展成致死综合症(图3,车道14)。未受感染的植物提取物没有明显的病毒微粒(图3,车道1),来自未转化植物感染T -∆cp(图3,车道2),或来自转基因植物接种T -∆cp后表达轻微表型(图3,车道10)。

转基因植物接种T -∆cp后积累的病毒微粒,可能是由于在转基因植株中突变体和外壳蛋白表达的互补,或转基因mRNA和外壳蛋白缺陷突变株的重组。为了区分这两种选择,从生长坏死综合症植物中分离出纯化的病毒微粒,用于接种未转化的烟草benthamiana植株。我们预计从突变RNA的转录作用感染会产生轻微的表型,不会产生病毒微粒。相比之下,从T -∆cp和外壳蛋白mRNA转基因之间重组产生的重组病毒,会导致植物伴随大量病毒微粒的积累而死亡。每一种未转化的烟草benthamiana植株感染了从转基因植物中纯化的病毒微粒,发生致命反应后产生野生型病毒症状,并且可以从这些植物中提纯病毒微粒。(数据没有显示)。研究结果表明,在外壳蛋白转基因与缺陷病毒之间的重组事件生成功能型病毒。
在另一系列的实验中,我们未转化的植物共接种T - ∆cp每毫升120µG 和野生型TBSV浓度从每毫升200ng到120µg。在所有情况下,植物产生了野生型致死综合症,并含有病毒微粒(数据没未显示)。这些结果表明,野生型病毒比T -∆cp突变体能够更有效地竞争全身活动,他们认为假定的重组,出现在主要受感染的植物的T -∆cp迅速感染。
一个TBSV 外壳蛋白突变体含有标记与一个CNV嵌合蛋白缺失突变体与植物转基因的重组
为了验证这种重组,而不是与野生型病毒的污染,我们进行了几个对照实验。设计了两种标记结构来具体识别重组后代。第一个是TBSV外壳蛋白缺失突变体,TSpe∆cp,包含一个SpeI酶切位点,位于外壳蛋白编码区的上游(图1)。我们还构建一个相关的番茄丛矮病毒嵌合体,指定Ch -∆cp(图1),我们用TBSV外壳蛋白缺陷基因替换了CNV外壳蛋白,与出现在T -∆cp的相同。Ch -∆cp还包含SpeI酶切位点作为一个标记。
作为第一步,我们想要确认由标记结构引起的表型。当来自TSpe -∆cp和Ch -∆cp突变体的RNAs被用来接种未转化植物,只观察到轻微的表型(图2 b)。相比之下,等效的野生型病毒(TSpe,Ch,CNV;图1)引起严重的致死性表型(图2A)。从这些植物免疫印迹分析表明,只有当野生型结构被用作接种物时病毒微粒才存在(图3,车道7,8,9),但不存在于未转化植物感染TSpe -∆cp和Ch -∆cp突变体(图3,车道4和5)。
当来自TSpe -∆cp和Ch -∆cp的RNAs被用来接种转基因植物,大多数植物造成的轻微症状类似TBSV缺失突变体与未转化植物(图2 c)。然而,平均从一个株系14%的植物感染TSpe-∆cp,和六个株系的16%植物被外壳蛋白缺失嵌合体侵染,Ch -∆cp(表2),开发了野生型,TBSV-像致命的症状(图2 d)。这些结果表明,TSpe -∆cp和Ch -∆cp还可以与转基因进行重组。在琼脂糖凝胶中分离病毒后的额外的血清学分析显示,转基因植物中表现出致命症状的病毒颗粒的存在(图3,车道16和17条),但在存活的转基因植物中却没有(图3,第12和13条)。
为了更详细地分析转基因植物中致死性坏死的病毒RNA,我们进行了Northern杂交和序列实验。为Northern印迹分析,总RNA分离自未转化植物接种T -∆cp,TSpe-∆cp和Ch -∆cp作为对照,或未转化植物接种野生型衍生物TBSV, TSpe和Ch。RNA也同样分离自转基因植物感染外壳蛋白缺失突变体后(T -∆cp,TSpe-∆cp和Ch -∆cp)轻微和严重表型。杂交探针,我们使用了寡核苷酸cpNB(5′CCCTGCAAGGCTGTGGCCC 3′),该序列在用于感染的突变体中不存在T -∆cp,TSpe-∆cp和Ch -∆cp。图4所示的结果表明,RNA从健康组织中分离(图4,车道1)或未转化植物感染T -∆cp,TSpe-∆cp,Ch -∆cp后,未能与cpNB寡核苷酸杂交后产生一个信号(图4,车道2,4,5,分别)。相反,RNA来自于未转化植物感染了这些突变体的野生型版本(无外壳蛋白缺失)TBSV、TSpe和Ch,与寡核苷酸杂交(图4,分别为6、7和8车道)。然而,野生型CNV与cpNB寡核苷酸(图4,车道9)中表现出较弱的杂交,我们认为这是不匹配的杂交,因为CNV只包含了cpNB序列中19个nt中的10个。只有RNA来自于转基因植物的感染了T -∆cp,TSpe-∆cp和Ch -∆cp发展致死综合症后与cpNB寡核苷酸有很强的杂交信号(图4,车道15,17,18分别),而从表达轻微症状的转基因植株中提取的RNA中没有发现信号(图4,车道11、12和14,分别)。这些结果表明,转基因植株发生致死综合征的含有重组的缺失序列已恢复。
